| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 280,574 | Δ1 bp | intergenic (‑12292/+193502) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 280,572 | 0 | G | . | 100.0% | 294.0 / NA | 67 | intergenic (‑12290/+193504) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (40/27); total (40/27) | |||||||||||
ATATAAGGCATAATACCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCTGGGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCGTCTAGACGGACTTCTGCTGTTA > 1/280329‑280807 | atatAAGGCATAATACCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGttt < 1:2678/251‑1 (MQ=255) gCATAATACCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTACAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCatt > 1:480313/1‑251 (MQ=255) gCATAATACCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCatt > 1:18972/1‑251 (MQ=255) ataataCCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCattaa > 1:611214/1‑251 (MQ=255) taataCCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCattaat < 1:710964/251‑1 (MQ=255) gcgcAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCg > 1:147557/1‑251 (MQ=255) aaTTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGaa > 1:129691/1‑250 (MQ=255) caccacCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAgc < 1:352617/250‑1 (MQ=255) ccaccaGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAgctg > 1:794237/1‑250 (MQ=255) cATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCtt > 1:613823/1‑251 (MQ=255) atatTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCTggttg < 1:379206/188‑4 (MQ=255) atatTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCattaat > 1:536147/1‑201 (MQ=255) atatTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAattat > 1:362502/1‑204 (MQ=255) atatTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTc > 1:802357/1‑206 (MQ=255) atatTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCttt > 1:785720/1‑251 (MQ=255) aCATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTcaca > 1:163050/1‑251 (MQ=255) tatCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCTggttg > 1:781679/1‑175 (MQ=255) aaTGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAAcc < 1:490121/251‑1 (MQ=255) gatgGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCa > 1:549746/1‑250 (MQ=255) gTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGaa < 1:250852/250‑1 (MQ=255) gCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTcc > 1:115640/1‑184 (MQ=255) gCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAAccc < 1:104361/243‑1 (MQ=255) gCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATaa > 1:769717/1‑251 (MQ=255) tcaatcaaCTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTAttttt > 1:538553/1‑251 (MQ=255) tGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCAcc < 1:819232/251‑1 (MQ=255) gAGCTAATACAGCCGCGTTTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATa < 1:453608/188‑1 (MQ=255) aGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAatttatt > 1:215496/1‑237 (MQ=255) aGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCg > 1:245753/1‑251 (MQ=255) aTACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCa > 1:180482/1‑144 (MQ=255) aTACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTaaa > 1:353649/1‑251 (MQ=255) cgTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCattaatta < 1:412933/142‑1 (MQ=255) cgTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACg > 1:179104/1‑199 (MQ=255) gTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAAt > 1:144873/1‑210 (MQ=255) gaatgaatGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATc < 1:630026/247‑1 (MQ=255) gaatgaatGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCt > 1:472288/1‑249 (MQ=255) aCCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAatat < 1:387168/251‑1 (MQ=255) aTTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGc < 1:235440/251‑1 (MQ=255) aCAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTaa > 1:842048/1‑251 (MQ=255) cAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTT‑AAATATTGGCAGCTTTTAATg < 1:88533/251‑1 (MQ=255) cACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTc > 1:18639/1‑143 (MQ=255) cACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTaaa > 1:564253/1‑251 (MQ=255) aCCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCTATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAg < 1:450597/251‑1 (MQ=255) ccTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAatttattt < 1:233801/171‑1 (MQ=255) aCAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACg > 1:645576/1‑149 (MQ=255) aCAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAAt > 1:870085/1‑251 (MQ=255) aCAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAAt < 1:695863/251‑1 (MQ=255) tAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAAt < 1:737183/246‑1 (MQ=255) aCAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTcac > 1:446853/1‑241 (MQ=255) aCAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCAttt < 1:335138/251‑1 (MQ=255) aCAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCA‑TAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATTTTTCTAAATTCACATTACAAtttt > 1:2963/1‑251 (MQ=255) gCTCTTTAGCTCACTTGTACCA‑CTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAAtttt > 1:454157/1‑251 (MQ=255) ctctTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGc < 1:844943/209‑1 (MQ=255) ctTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTTATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAACTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTAt > 1:692796/1‑251 (MQ=255) ctTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACGCGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTAt > 1:40734/1‑251 (MQ=255) ttAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTAtt > 1:357571/1‑250 (MQ=255) cACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGgtca > 1:411462/1‑250 (MQ=255) cTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGaa < 1:858059/124‑1 (MQ=255) cTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTg < 1:317658/173‑1 (MQ=255) cTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGgtcat > 1:815664/1‑248 (MQ=255) ttGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCt < 1:109170/251‑1 (MQ=255) gTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCt < 1:343344/58‑1 (MQ=255) accTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAac > 1:91443/1‑62 (MQ=255) ccTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGa > 1:519632/1‑250 (MQ=255) tACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGACTTctgc < 1:848937/250‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGACTTctgctg < 1:610241/251‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGACTTctgctg < 1:372943/251‑1 (MQ=255) ttGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATcc > 1:886859/1‑158 (MQ=255) ttGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGACTTCTGCTGTTa > 1:498563/1‑249 (MQ=255) ttGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTc < 1:230810/217‑1 (MQ=255) | ATATAAGGCATAATACCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCTGGGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCGTCTAGACGGACTTCTGCTGTTA > 1/280329‑280807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |