| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 517,713 | G→C | S243S (TCG→TCC) | unknown → | Heterodimeric efflux ABC transporter, permease/ATP‑binding subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 517,713 | 0 | G | C | 100.0% | 338.0 / NA | 97 | S243S (TCG→TCC) | unknown | Heterodimeric efflux ABC transporter, permease/ATP‑binding subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (61/36); total (61/36) | |||||||||||
TTCTGTTGGTTTGCGTACCGTTAATTCCTATGTCCATTATTGCCGTGAATAAAATCGCGAAACGTTTATTAGCGAAATATTGGTCCATTTATGTGGGTTTAGGCAGCAGTTTTTTGGATAACTTACAAGGCTTGATTACTTTAAAAATCTATCAGGACGACGATTACAAAGCTAAACAAATGGACATTGAAGCGGAAAATTTCCGCACTATTACCATGAAAGTGCTCACTATGCAGCTGAACTCGGTTTCGCTAATGGATTTATTGGCTTACGGCGGCGCTGCGCTGGGTATTTTGACCGCACTTTTACAATTTCAGGACGGCAATTTATCCATTTTCGGCGTGGTGTTGTTTATTTTACTGGCTTCCGAATTTTTCATTCCATTGCGCTTGCTTGGTTCCTTCTTCCATGTGGCGATGAACGGCAAAGCTGCTTCGGAAAAAATCTTTACGCTGTTGGATACGCCGGTGGAAGAAAATAAAAGTG > 1/517469‑517954 | ttCTGTTGGTTTGCGTACCGTTAATTCCTATGTCCATTATTGCCGTGAATAAAATCGCGAAACGTTTATTAGCGAAATATTGGTCCATTTATGTGGGTTTAGGCAGCAGTTTTTTGGATAACTTACAAGGCTTGATTACTTTAAAAATCTATCAGGACGACGATTACAAAGCTAAACAAATGGACATTGAAGCGGAAAATTTCCGCACTATTACCATGAAAGTGCTCACTATGCAGCTGAACTCCGTTTCg > 1:366603/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |