| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,089,546 | C→T | A836T (GCG→ACG) | unknown ← | Ribonuclease E (EC 3.1.26.12) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,089,546 | 0 | C | T | 98.7% | 248.3 / ‑4.8 | 74 | coding (2506/2892 nt) | unknown | Ribonuclease E (EC 3.1.26.12) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (36/37); minor base . (1/0); total (37/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTCGCCAAAGTCGCTTCTGCTTTAGTGTGGGTTACTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGCTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAAT > 1/2089304‑2089763 | cTTCGCCAAAGTCGCTTCTGCTTTAGTGTGGGTTACTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGc < 1:55451/250‑1 (MQ=255)cTTCGCCAAAGTCGCTTCTGCTTTAGTGTGGGTTACTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGc < 1:686885/250‑1 (MQ=255) cTTCTGCTTTAGTGTGGGTTACTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTa > 1:151152/1‑251 (MQ=255) cTGCTTTAGTGTGGGTTACTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACtt < 1:52283/251‑1 (MQ=255) aGTGTGGGTTACTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTcaa > 1:735396/1‑251 (MQ=255) ggTTACTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTT‑ACCGAATTATTTGCCGGTTGGATTATAAAATTCCG‑TAATGGCTTGACAATCTTTTTTA‑TTTTTTCAAAAAttaa > 1:896388/1‑248 (MQ=255) aCTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATc < 1:884616/251‑1 (MQ=255) 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t‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGtt < 1:806265/249‑1 (MQ=255) gTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCAt > 1:88515/1‑250 (MQ=255) tttCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATc < 1:741238/250‑1 (MQ=255) 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ttGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACcgctcg > 1:901069/1‑251 (MQ=255) gTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGt > 1:720418/1‑228 (MQ=255) gTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACcgctcg > 1:627316/1‑249 (MQ=255) 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aat‑aaATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCa > 1:525698/1‑176 (MQ=255) aat‑aaATTCCGTTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAaat > 1:182624/1‑229 (MQ=255) | CTTCGCCAAAGTCGCTTCTGCTTTAGTGTGGGTTACTGCCGAGAATGTCCCTAGACGCCCGTTAAAAACATAAGT‑GCGGTCAGTTTCATCCATGAATTTCACATTATCAGAGACATCCATCGTTACAATCACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAAT‑AAATTCCGCTAATGGC‑TGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAAT > 1/2089304‑2089763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |