| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,005,456 | C→G | A87P (GCA→CCA) | unknown ← | Inositol transport system sugar‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,005,456 | 0 | C | G | 98.9% | 317.8 / NA | 91 | A87P (GCA→CCA) | unknown | Inositol transport system sugar‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (47/43); total (48/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACGTTTAATTTGCGCTTCCAAGCCCAACGGACCGAGTAAAATAATCGCTTTCGCCGGTTTACCGTTCAGCGAATTAACAATAAATTCACCTTGCATTTCCCCGCTTTTAACTTCCTCGGATCCCACATAACTTGCTACATATTGCATATCTTCTTCATTCGGTTTTACA‑GTGACGACAATTAAAGGGATTTTGGCTTTTTTTGCTTTTAAGCCGATGGCTTTCA‑CAATTTTTTGATCCGTTGCCATAATAATTAACGCATCCACATTGGAATCAATAAAATTCTCTACGTCATTCAGCATTTTTGCCGGATCACCATTGGCATCCGCATATTTAAATTTAAGATCTGTTTGCGAACGCACAAATTTATTCATTGAATCCTGCAAATAGGTCGGGTATTTATCAGCGAGACTATACATTGAAACGCCAACCACTATGGATTTGGCAAGAATGAGCGGAGTGAAAAAG > 1/2005213‑2005679 | tACGTTTAATTTGCGCTTCCAAGCCCAACGGACCGAGTAAAATAATCGCTTTCGCCGGTTTACCGTTCAGCGAATTAACAATAAATTCACCTTGCATTTCCCCGCTTTTAACTTCCTCGGATCCCACATAACTTGCTACATATTGCATATCTTCTTCATTCGGTTTTACA‑GTGACGACAATTAAAGGGATTTTGGCTTTTTTTGCTTTTAAGCCGATGGCTTTCA‑CAATTTTTTGATCCGTTGGCataata < 1:853693/251‑1 (MQ=255) aCGTTTAATTTGCGCTTCCAAGCCCAACGGACCGAGTAAAATAATCGCTTTCGCCGGTTTACCGTTCAGCGAATTAACAATAAATTCACCTTGCATTTCCCCGCTTTTAACTTCCTCGGATCCCACATAACTTGCTACATATTGCATATCTTCTTCATTCGGTTTTACA‑GTGACGACAATTAAAGGGATTTTGGCTTTTTTTGCTTTTAAGCCGATGGCTTTCA‑CAATTTTTTGATCCGTTGGCAtaataa < 1:266308/251‑1 (MQ=255) tttAATTTGCGCTTCCAAGCCCAACGGACCGAGTAAAATAATCGCTTTCGCCGGTTTACCGTTCAGCGAATTAACAATAAATTCACCTTGCATTTCCCCGCTTTTAACTTCCTCGGATCCCACATAACTTGCTACATATTGCATATCTTCTTCATTCGGTTTTACA‑GTGACGACAATTAAAGGGATTTTGGCTTTTTTTGCTTTTAAGCCGATGGCTTTCA‑CAATTTTTTGATCCGTTGGCATAATAAtt < 1:533123/250‑1 (MQ=255) aaTTTGCGCTTCCAAGCCCAACGGACCGAGTAAAATAATCGCTTTCGCCGGTTTACCGTTCAGCGAATTAACAATAAATTCACCTTGCATTTCCCCGCTTTTAACTTCCTCGGATCCCACATAACTTGCTACATATTGCATATCTTCTTCATTCGGTTTTACA‑GTGACGACAATTAAAGGGATTTTGGCTTTTTTTGCTTTTAAGCCGATGGCTTTCA‑CAATTTTTTGATCCGTTGGCATAATAATTAACg > 1:201958/1‑251 (MQ=255) 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TACGTTTAATTTGCGCTTCCAAGCCCAACGGACCGAGTAAAATAATCGCTTTCGCCGGTTTACCGTTCAGCGAATTAACAATAAATTCACCTTGCATTTCCCCGCTTTTAACTTCCTCGGATCCCACATAACTTGCTACATATTGCATATCTTCTTCATTCGGTTTTACA‑GTGACGACAATTAAAGGGATTTTGGCTTTTTTTGCTTTTAAGCCGATGGCTTTCA‑CAATTTTTTGATCCGTTGCCATAATAATTAACGCATCCACATTGGAATCAATAAAATTCTCTACGTCATTCAGCATTTTTGCCGGATCACCATTGGCATCCGCATATTTAAATTTAAGATCTGTTTGCGAACGCACAAATTTATTCATTGAATCCTGCAAATAGGTCGGGTATTTATCAGCGAGACTATACATTGAAACGCCAACCACTATGGATTTGGCAAGAATGAGCGGAGTGAAAAAG > 1/2005213‑2005679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |