| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,802,715 | A→T | E82V (GAA→GTA) | unknown → | Probable zinc protease pqqL (EC 3.4.99.‑) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,802,715 | 0 | A | T | 98.9% | 313.2 / NA | 95 | E82V (GAA→GTA) | unknown | Probable zinc protease pqqL (EC 3.4.99.‑) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (52/41); minor base C (1/0); total (54/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAAAAACTGACCGCACTTTTCGTACTGCTCTGCTCTTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGAAGAACACATGGCGTTTAACGGTTCGAAAAAATATCCTGAAAATACCATCATTAATGCTCTTGAAAAATTGGGTATGAAATTTGCCCGCGATATTAATGCATTCACTGATTTTGAAAATACCGTTTATACTCTGAATTTAGACGGTAATAGCCCGCAAAAACTATCCCTTGCTTTTGATGTTATCAATGAATGGATGAATCATCTCACAATTTTACCCAAAGACCTTGATGGTGAACGCGGCGTG > 1/1802473‑1802959 | gAAAAAACTGACCGCACTTTTCGTACTGCTCTGCTCTTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAAcaca > 1:26713/1‑251 (MQ=255) cTTTTCGTACTGCTCTGCTCTTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAACACATGGCGTTTAACGGtt > 1:424921/1‑250 (MQ=255) tttCGTACTGCTCTGCTCTTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAACACATGGCGTTTAACGGTTCGa > 1:720148/1‑251 (MQ=255) gctctgctctTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAACACATGGCGTTTAACGGTTCGAAAAAatat > 1:806953/1‑250 (MQ=255) gctctgctctTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGCGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAACACATGGCGTTTAAc > 1:193509/1‑235 (MQ=255) gctctgctctTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGAGTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAACACATGGCg < 1:358677/229‑1 (MQ=255) gctctTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAacac < 1:876354/218‑1 (MQ=255) gctctTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAACACATGGCGTTTAACGGTTCGAAAAAATATCCTGaa > 1:168173/1‑251 (MQ=255) gctctTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGAAGAACACATGCCGTTTAACGGTTCGAAAAAATATCTTGaa > 1:247926/1‑251 (MQ=255) ctctTTTCACTTACTCATTGCTTGTCGAACCGGAATAGATCCTGATGCCTTAGCTTTCGATCCCGATATTAAACACGGCAAACTGACAAACGGATTGCAATATTACATCTTGAATAATCGTGATCCCAAAGATCGGGTGTATATTCGTTTAGTGGTAAATGCCGGTTCAATGCACGAAGATGATGATCAAAAAGGCATCGCCCATTTAGTAGAACACATGGCGTTTAACGGTTCGAAAAAATATCCTGaaa < 1:23774/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |