| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,153,316 | G→A | V6V (GTC→GTT) | unknown ← | Maltodextrin ABC transporter, substrate‑binding protein MdxE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,153,316 | 0 | G | A | 97.8% | 274.1 / NA | 90 | V6V (GTC→GTT) | unknown | Maltodextrin ABC transporter, substrate‑binding protein MdxE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (31/57); minor base T (2/0); total (33/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GCCCAGAAGATAATGTCCGGGCCGTCACCGGTGGACGCCACTTGAGCAAATTTTTCTTCCAGTCTGTCCGGATGTTCTACCAAAACGGAAATGCCGGTGTCTTTTTCAAATTTTTTACCCACTTCAGCCAAGCCGTTATAGCCTTTGTCGCCGTTGATCCAAATAACCAATTTTCCTTCGGTCATTTTTGCCATTACAGCGGAAGACATAACTAAGCCCGCCACGGCGGTTAAAGTGAATTTGACGAGTTTGTTTTTCATGTTGTAAGTCCTTGTTGGTTATTTACTGATACCGGAGCGAATACGTTGAGCCGCTTCGTCCGGTGCCTGTTTAACGGTTTGACGTTCGGTAACTGCAAGTTGAGTGGCGGTATTTTCCAGTGAGCATG‑AAACA‑CTTAAAAAGCCTTTTTACACATTATTGGCATTATCCGTAAATATTTTATTTTGTTATCCTCCCCCTGACTACTCCTTGTCTGTAAC > 1/1153074‑1153552 | gCCCAGAAGATAATGTCCGGGCCGTCACCGGTGGACGCCACTTGAGCAAATTTTTCTTCCAGTCTGTCCGGATGTTCTACCAAAACGGAAATGCCGGTGTCTTTTTCAAATTTTTTACCCACTTCAGCCAAGCCGTTATAGCCTTTGTCGCCGTTGATCCAAATAACCAATTTTCCTTCGGTCATTTTTGCCATTACAGCGGAAGACATAACTAAGCCCGCCACGGCGGTTAAAGTGAATTTAAAGAgttt > 1:713252/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |