| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 778,107 | T→A | S577S (TCT→TCA) | unknown → | Coupling protein VirD4, ATPase required for T‑DNA transfer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 778,107 | 0 | T | A | 100.0% | 167.4 / NA | 50 | S577S (TCT→TCA) | unknown | Coupling protein VirD4, ATPase required for T‑DNA transfer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (26/24); total (26/24) | |||||||||||
GTATTACCGACCACGGACGACCGTTGCTTTTACCGCAGGAATTTAGACTAATAGGAGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATGTGTAATAAGGCGGTGTATTACAACGACCCTTATTTCATCGATAAATTGAAAGCGGTTTCCCCACAACTCCGCGCATTAGGCAAGAAATTACCGACTAAAGCGCAACTGGAAAAAGCCATGTTCAGTGGTGAGCTTTCCGCCCAATCTATTTAATCCACAAAAACTGTGAATAACCAGGAGGATAATATGAAAAAATTTTTAGTTATGAATACGTTAATCCCTGTTTGCTTTTTAAGCGCGTGCAGCTCGTCAACGCCGGAACCGCCACAAATCGATGAAGACGCCCCGGCAATTTATTTAAATAATCAGGTGTACCGACAAACACCAACTGCAACAGTGCCAAAAAACGCCGGCGATCATAACGGGCAACCTTGGGTATATCAATATG > 1/777860‑778348 | gTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTATTTTATAGACAAACTCAAAGCGGTATCTCCGCAATTGCGAGCATTAGGTAAAAAATTACCGACAAAAGAACAATTGGAAAAAGCTATGTTCAGTGGCGAGCTGTCAGTCCAATCAAtt > 1:504881/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTATTTTATAGACAAACTCAAAGCGGTATCTCCGCAATTGCGAGCATTAGGTAAAAAATTACCGACAAAAGAACAATTGGAAAAAGCTATGTTCAGTGGCGAGCTGTCAGTCCAATCAATTTAATCCACAAAAACTGTGAATAAcc < 1:544670/197‑1 (MQ=255) aaaTAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTATTTTATAGACAAACTCAAAGCGGTATCTCCGCAATTGCGAGCATTAGGTAAAAAATTACCGACAAAAGAACAATTGGAAAAAGCTATGTTCAGTGGCGAGCTGTCAGTCCAATCAATTTAATCCACAAAAACTGTGAATAACCAGGAGGATAATATGAAAAAAATTTTACTTATg < 1:136376/229‑1 (MQ=255) cAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTATTTTATAGACAAACTCAAAGCGGTATCTCCGCAATTGCGAGCATTAGGTAAAAAATTACCGACAAAAGAACAATTGGAAAAAGCTATGTTCAGTGGCGAGCTGTCAGTCCAATCAATTTAATCCACAAAAACTGTGAATAACCAGGAGGATAATATGAAAAAAATTTTACTTATGAATATGTTAATACCTGTTTGCTTTTTAAg < 1:41541/249‑1 (MQ=255) ccGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTATTTTATAGACAAACTCAAAGCGGTATCTCCGCAATTGCGAGCATTAGGTAAAAAATTACCGACAAAAGAACAATTGGAAAAAGCTATGTTCAGTGGCGAGCTGTCAGTCCAATCAATTTAATCCACAAAAACTGTGAATAACCAGGAGGATAATATGAAAAAAATTTTACTTATGAATATGTTAAtac > 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GTATTACCGACCACGGACGACCGTTGCTTTTACCGCAGGAATTTAGACTAATAGGAGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATGTGTAATAAGGCGGTGTATTACAACGACCCTTATTTCATCGATAAATTGAAAGCGGTTTCCCCACAACTCCGCGCATTAGGCAAGAAATTACCGACTAAAGCGCAACTGGAAAAAGCCATGTTCAGTGGTGAGCTTTCCGCCCAATCTATTTAATCCACAAAAACTGTGAATAACCAGGAGGATAATATGAAAAAATTTTTAGTTATGAATACGTTAATCCCTGTTTGCTTTTTAAGCGCGTGCAGCTCGTCAACGCCGGAACCGCCACAAATCGATGAAGACGCCCCGGCAATTTATTTAAATAATCAGGTGTACCGACAAACACCAACTGCAACAGTGCCAAAAAACGCCGGCGATCATAACGGGCAACCTTGGGTATATCAATATG > 1/777860‑778348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |