| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 683,646 | G→A | A88T (GCG→ACG) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 683,646 | 0 | G | A | 100.0% | 287.0 / NA | 83 | A88T (GCG→ACG) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (55/28); total (55/28) | |||||||||||
GTTCTTGTATGCAGTTATTATCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTGCGTTTCACTACCTCAAATCTCAGAATGTATTTTCTGATATGCCAACAGATAAAGAAGTTATTTTTAACTTGCTGTCTAAACCATTACAAATTAATGGAAAAAAAGTTAAATATCGTTTTGCAAAACAAAAATCATATTATCTCGCTGAAGCTCTAAAATTTCTGAAAGAAACCAACCCACCATTTGGTAATGGTAAACAATTAAGAAATTGGTTATTACAAATACAAGG > 1/683416‑683875 | gTTCTTGTATGCAGTTATTATCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTAc < 1:575227/242‑1 (MQ=255)gTTCTTGTATGCAGTTATTATCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTACCTCAAAtc > 1:161878/1‑250 (MQ=255)gTTCTTGTATGCAGTTATTATCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTACCTCAAAt < 1:97919/249‑1 (MQ=255)gTTCTTGTATGCAGTTATTATCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTACCTCAAAt > 1:359135/1‑249 (MQ=255)gTTCTTGTATGCAGTTATTATCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTACCTCAAAt > 1:900835/1‑249 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tattatCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTACCTCAAATCTCAGAATGTAtttt > 1:426911/1‑249 (MQ=255) tattatCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTACCTCAAATCTCAGAATGTATTTTc > 1:821673/1‑250 (MQ=255) tattatCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTACCTCAAATCTCAGAATGTATTTTCt < 1:31037/251‑1 (MQ=255) 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atGTTGGTTTGGCTACGTTTCACTACCTCAAATCTCAGAATGTATTTTCTGATATGCCAACAGATAAAGAAGTTATTTTTAACTTGCTGTCTAAACCATTACAAATTAATGGAAAAAAAGTTAAATATCGTTTTGCAAAACAAAAATCATATTATCTCGCTGAAGCTCTAAAATTTCTGAAAGAAACCAACCCACCATTTGGTAATGGTAAACaa > 1:42712/1‑215 (MQ=255) | GTTCTTGTATGCAGTTATTATCCCTCCCCGCCCCAGAGAATGAGGTTCTTCCAGGTGTAGTTTGGGGGAAAATTGAACAATTTCCTTCTCCAGCCTATTGGTATTACCGAGTATTATCTAACCGAGAATTAAATAACACTCCCAAATACCGGCTGGGAGAATCATTTATTGAAGAAGTATGCGCTTGTCTTTTAGGTGGGTATGGTATACCTGCATATGTTGGTTTGGCTGCGTTTCACTACCTCAAATCTCAGAATGTATTTTCTGATATGCCAACAGATAAAGAAGTTATTTTTAACTTGCTGTCTAAACCATTACAAATTAATGGAAAAAAAGTTAAATATCGTTTTGCAAAACAAAAATCATATTATCTCGCTGAAGCTCTAAAATTTCTGAAAGAAACCAACCCACCATTTGGTAATGGTAAACAATTAAGAAATTGGTTATTACAAATACAAGG > 1/683416‑683875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |