| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 628,678 | T→C | V19A (GTT→GCT) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 628,678 | 0 | T | C | 100.0% | 218.7 / NA | 61 | V19A (GTT→GCT) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (30/31); total (30/31) | |||||||||||
ACATCTTACGGAACAAAATTTAAAAATAGATGAGGACTATTTGATACTTCGCCCATTCCCTCAGAATAAAGAAGGGAAAGAATTGTGGTCTGCTTGGCGTGAAGATATGATTTCTTATGCTGGTATCTCTATATTTCTATTCGGAAATAAATTATAGAATGGAAATTTGATTTTATCAAATGGTATGCAGGAGGAATTTGATATTTCCAAAAGGAATGGAAATGTTTTAATCCCTGTTGTTGCTACTGGATATATGGCAAAACAACTCTGGGATAATGAGATGAATAAAGAGTCTGCTAAGGAGGTTGAAAATGAAATGCAAGCACTATCTAAAGAAAATATTTCGCTAGATGAATTAAGATCTAATATTTTGTCAATTTTAAAAAAGGTTAAATAATTATGAAGAGAAATGTATTTTATAGTTTTCATTATGAAAAAGATGTTTTCCGTGTTCAACAAGTAAGAAACATTGGAAA > 1/628439‑628914 | aCATCTTACGGAACAAAATTTAAAAATAGATGAGGACTATTTGATACTTCGCCCATTCCCTCAGAATAAAGAAGGGAAAGAATTGTGGTCTGCTTGGCGTGAAGATATGATTTCTTATGCTGGTATCTCTATATTTCTATTCGGAAATAAATTACAGAATGGAAATTTGATTTTATCAAATGGTATGCAGGAGGAATTTGATATTTCCAAAAGGAATGGAAATGTTTTAATCCCTGTTGCTGCTACTGGat < 1:345567/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttAATCCCTGTTGCTGCTACTGGATATATGGCAAAACAACTCTGGGATAATGAGATGAATAAAGAGTCTGCTAAGGAGGTTGAAAATGAAATGCAAGCACTATCTAAAGAAAATATTTCGCTAGATGAATTAAGATCTAATATTTTGTCAATTTTAAAAAAGGTTAAATAATTATGAAGAGAAATGTATTTTATAGTTTTCATTATGAAAAAGATGTTTTCCGTGTTCAACAAGTAAGAAACATTGGaaa > 1:60306/1‑251 (MQ=255) cTGTTGCTGCTACTGGATATATGGCAAAACAACTCTGGGATAATGAGATGAATAAAGAGTCTGCTAAGGAGGTTGAAAATGAAATGCAAGCACTATCTAAAGAAAATATTTCGCTAGAt < 1:477379/119‑1 (MQ=255) | ACATCTTACGGAACAAAATTTAAAAATAGATGAGGACTATTTGATACTTCGCCCATTCCCTCAGAATAAAGAAGGGAAAGAATTGTGGTCTGCTTGGCGTGAAGATATGATTTCTTATGCTGGTATCTCTATATTTCTATTCGGAAATAAATTATAGAATGGAAATTTGATTTTATCAAATGGTATGCAGGAGGAATTTGATATTTCCAAAAGGAATGGAAATGTTTTAATCCCTGTTGTTGCTACTGGATATATGGCAAAACAACTCTGGGATAATGAGATGAATAAAGAGTCTGCTAAGGAGGTTGAAAATGAAATGCAAGCACTATCTAAAGAAAATATTTCGCTAGATGAATTAAGATCTAATATTTTGTCAATTTTAAAAAAGGTTAAATAATTATGAAGAGAAATGTATTTTATAGTTTTCATTATGAAAAAGATGTTTTCCGTGTTCAACAAGTAAGAAACATTGGAAA > 1/628439‑628914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |