| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,481,402 | 0 | G | T | 72.2% | 89.0 / 44.4 | 54 | intergenic (+53/‑956) | unknown/unknown | Zona occludens toxin‑like phage protein/Bacterial non‑heme ferritin (EC 1.16.3.2) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/7); new base T (18/21); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATGAAGTGTGGCGTATTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGAGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑TTTTCCGCTTGC‑GGAAAATGCAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAATAATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTGTTGCGCGCTGATGATTT > 1/1481155‑1481637 | gatgaAGTGTGGCGTATTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGt > 1:453597/1‑251 (MQ=255) 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gTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCTGAAAATAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGTTTTACGTTGTTTGCTATAGGATATTTCACGTGAAAACCGAAAAATGATACTAAGTTAGAGATGGTTATTTTATTCCAAGTgtaagttggg > 1:769522/1‑242 (MQ=255) gTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGtttcacgttgtaag > 1:211439/1‑163 (MQ=255) atctaattttgttaagacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTc < 1:735103/218‑1 (MQ=255) atctaattttgttaagacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑tttttga > 1:897988/21‑248 (MQ=255) attttgttaagacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑tttttgagcaag > 1:47361/16‑243 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAAc < 1:598161/157‑1 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGAc < 1:356024/184‑1 (MQ=255) gacggataCAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTa < 1:645917/220‑1 (MQ=255) 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1:700016/158‑1 (MQ=255) t‑aAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTc < 1:21991/251‑1 (MQ=255) aaaCGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTaaac > 1:882242/1‑241 (MQ=255) aCGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATg < 1:871823/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGt < 1:92661/241‑1 (MQ=255) tCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGc < 1:251811/250‑1 (MQ=255) tCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCa > 1:321878/1‑251 (MQ=255) gATGTAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCaaaaa > 1:435792/1‑122 (MQ=255) 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tAAGTGTAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAGCCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTAttt < 1:721810/251‑1 (MQ=255) gtgtAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTg > 1:645560/1‑137 (MQ=255) gtAAAAAATGGCGATGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAg < 1:602292/133‑1 (MQ=255) aTGTGATTGTTCTTGGTGGTCTGGCTGAAAATAAAATAACGGAAGGTGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTATTTTTGAGCAAGCTCAAAAATGTAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAACCATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTTTTgcgcgtacctaaatt > 1:212832/1‑241 (MQ=255) | GATGAAGTGTGGCGTATTTTCCCGACTAATGAAATTAAATCCAATCATCGGTCTTTTATTGCCGAACATCGTCATTTTACCGATGAAGAAACGGGCGTTTGTTGTGATTTAGTTGTTATTAATCAGTCTGTTGCAGGCATTCCTCGGTTTGTCAAAGACCGTATACAGGTGTTAATCAATCTCCGACACTTAT‑AAAACGCGACATTGTCACAGATGTAAGTGTAAAAAATGGAGATGTGATAGTTTTGGGTGGACTGGCCGAAAACAAGATAACTGAAGGCGAAACAGGTTTTTCATTTCTTCCTAAAGGTTTTTTAACGGGAAAATCCAAAAATGATACTAAGACAGATATAGTGATTTTACTCCAAGTGAAACTTGTCTAACTA‑TTTTCCGCTTGC‑GGAAAATGCAGGGCGAAGGCTTGCAGCCCGGTAAATAATGCTCGATGTTATTCGGGCATTTTTATTTGTTGCGCGCTGATGATTT > 1/1481155‑1481637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |