| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 280,574 | Δ1 bp | intergenic (‑55/+16) | unknown ← / ← unknown | Protein translocase subunit SecY/LSU ribosomal protein L15p (L27Ae) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 280,572 | 0 | G | . | 100.0% | 293.6 / NA | 67 | intergenic (‑53/+18) | unknown/unknown | Protein translocase subunit SecY/LSU ribosomal protein L15p (L27Ae) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (40/27); total (40/27) | |||||||||||
ATATAAGGCATAATACCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCTGGGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCGTCTAGACGGACTTCTGCTGTTA > 1/280329‑280807 | atatAAGGCATAATACCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGttt < 1:2678/251‑1 (MQ=255) 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cTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGgtcat > 1:815664/1‑248 (MQ=255) ttGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCt < 1:109170/251‑1 (MQ=255) gTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCt < 1:343344/58‑1 (MQ=255) accTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAac > 1:91443/1‑62 (MQ=255) ccTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGa > 1:519632/1‑250 (MQ=255) tACTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGACTTctgc < 1:848937/250‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGACTTctgctg < 1:610241/251‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGACTTctgctg < 1:372943/251‑1 (MQ=255) ttGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATcc > 1:886859/1‑158 (MQ=255) ttGTTTGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCATCTAGACGGACTTCTGCTGTTa > 1:498563/1‑249 (MQ=255) ttGATAGCCT‑GGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTc < 1:230810/217‑1 (MQ=255) | ATATAAGGCATAATACCAAGCGCAAAAATTGAAGCCCGGCCCAACGCACCACCAGAGAACATATTAAACATATCAATGATGGTGCCTTTTTGTTGTTCAATCAACTGAGCTAATACAGCCGCGTCTATACCAGGAACCGGAATGAATGAACCAATTCGGAAAACAATAAGTGCACCTAAAACAAATAACAATCTGCTCTTTAGCTCACTTGTACCACCTTGAGTACTTCTTGTTTGATAGCCTGGGTTGTTTAGCCATTAATTATTCCTCGATTGAACCACCAGCAGCTTCAATAGCTGCTTTGGCGCCTTTAGTCACACGCAACCCACGAATAACTAATTTATTTTTAACTTCACCCGCTAAAATTACTTTAGCAAACTGAATATCCTTAGTTAAAATATTGGCAGCTTTTAATGTTTCTAAAGTCACAATACCATTTTCAATTTTATTCAGGTCGTCTAGACGGACTTCTGCTGTTA > 1/280329‑280807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |