| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 638,740 | 2 bp→AT | intergenic (+141187/‑60602) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 638,740 | 0 | G | A | 100.0% | 283.3 / NA | 100 | intergenic (+141187/‑60603) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (52/48); total (52/48) | |||||||||||
| * | 1 | 638,741 | 0 | A | T | 100.0% | 277.2 / NA | 100 | intergenic (+141188/‑60602) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (52/48); total (52/48) | |||||||||||
ACTTTCCGCTAAGGCTTCCATGCTCCAACTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGTTGCCTAAATTTTCCTCAGTTTCTTTGCGAAGGAGCTCCAGCAACGCCATGATGGCGGAGTTATTGCTTGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGCAGGTTTTGGGCAAGATTGAGATAACGGAAATAACCGCAGAGCATTTCAAAATCATCGGATTCGCTTGTGCTGTTACGATGCAATGTGAATGCGCCCTGCGTGGTTTCGGTAATCGGGCTTTCTGTTCCCGCGCCGTGATAAAGGCTATGTTCCTCACCATAAGGCAGGAAGATTACATCGCCCGGTTTTAGATGGCAG > 1/638499‑638979 || aCTTTCCGCTAAGGCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTg > 1:10263/1‑250 (MQ=255) ggCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATAc > 1:112585/1‑250 (MQ=255) gCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATAc < 1:845925/249‑1 (MQ=255) ttCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAAt < 1:310292/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |