| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 429,249 | 2 bp→CT | intergenic (‑12427/‑68213) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 429,249 | 0 | A | C | 98.8% | 240.4 / NA | 84 | intergenic (‑12427/‑68214) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (46/37); minor base T (1/0); total (47/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | 1 | 429,250 | 0 | G | T | 100.0% | 238.3 / NA | 84 | intergenic (‑12428/‑68213) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (47/37); total (47/37) | |||||||||||
CCTTGAAAATATTAACCTCAAGGGCTTTTTTATATCCTAAGCGTTCCTACCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTGCTCATGTTTTAGCTATATCCAAATTTTTAAAAGTCTGAATCTCCGTCGGAGTTATTTAGAACAGTTTTCAACTCTCAGAAAGAAGCAATATGGCACGCACAATCACGCCGTTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTAACTATTACAAGCCTTTCACGCAACCAAAGAAAAGGGCGTTAATTGGCGTTGGCAAATACCCTGATATTTCCTTACAGCAGGCAAGAGCAATTAGAGAG > 1/429009‑429491 || ccTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATg > 1:845765/1‑251 (MQ=255)ccTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATg > 1:1553/1‑251 (MQ=255) atTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACaa > 1:147236/1‑251 (MQ=255) tttaaGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCAcac < 1:715331/248‑3 (MQ=255) 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1:265107/1‑143 (MQ=255) aGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACGAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGCTAAGTTATgg < 1:683896/232‑1 (MQ=255) aGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTcccgttttagtt > 1:185195‑M1/1‑239 (MQ=255) gCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAAGGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTcccgttttagtttt > 1:615660‑M1/1‑237 (MQ=255) gTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATc < 1:217279/192‑1 (MQ=255) ttttACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTcccgtttcagttttttaaagg < 1:41447‑M1/250‑22 (MQ=255) tGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAAcc < 1:87803/195‑1 (MQ=255) tGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGCTAAGTTATGGCGGTTTTcccgtttagttttttaaa > 1:333238‑M1/1‑221 (MQ=255) 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tctcAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTcccgtttcagtttttttaagggttgtggggaaaaaacacttgttttagccacttcaatctgcgttctttttattttgggtttcagaatttttggggttt > 1:285485‑M1/1‑152 (MQ=255) || CCTTGAAAATATTAACCTCAAGGGCTTTTTTATATCCTAAGCGTTCCTACCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTGCTCATGTTTTAGCTATATCCAAATTTTTAAAAGTCTGAATCTCCGTCGGAGTTATTTAGAACAGTTTTCAACTCTCAGAAAGAAGCAATATGGCACGCACAATCACGCCGTTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTAACTATTACAAGCCTTTCACGCAACCAAAGAAAAGGGCGTTAATTGGCGTTGGCAAATACCCTGATATTTCCTTACAGCAGGCAAGAGCAATTAGAGAG > 1/429009‑429491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |