| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,204,199 | 4 bp→ATCC | intergenic (+44619/+216735) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,204,199 | 0 | G | A | 100.0% | 106.8 / NA | 38 | intergenic (+44619/+216738) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (22/16); total (22/16) | |||||||||||
| * | 1 | 1,204,200 | 0 | A | T | 100.0% | 102.8 / NA | 38 | intergenic (+44620/+216737) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (22/16); total (22/16) | |||||||||||
| * | 1 | 1,204,201 | 0 | A | C | 100.0% | 101.9 / NA | 38 | intergenic (+44621/+216736) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (22/16); total (22/16) | |||||||||||
| * | 1 | 1,204,202 | 0 | T | C | 100.0% | 105.4 / NA | 38 | intergenic (+44622/+216735) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (22/16); total (22/16) | |||||||||||
AAAAGCCAATATTGCATTATTTCTGTTTGTCACTTTGCTTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTACTTCTACTGGCAAATAAAATTCGTCTGATTGAAGCGTTCAAGCGTTACTACCCTACTCTTACGCTGGATGCCATCCTGGGAAATTATCCGAAAATCTGGCAATC‑CTTATTGATTAGTTTTGTCGTCTGCCTACTGATTATGCTGAAACTCTTCTATCAGCCTAAAAAGAATCTTTATGGTAACGCCGAATTTGCGACTGCCTCGGAAGCGCGGGAAATGGGCTTGATGGAAGAAGAAAACGGCATTATCGTCGGCAAGCTCGGCAAAAAACTTTTACGCTTTATCGGTGCGCAATTCGTTTCACTGGCAGCGCCGACACGGGGAGGTAAAAGCGTAGGGATTGTTATTCCAAATTTGCTGGCATGGGAACAATCTGTGGTTGTGAAGGAC > 1/1203965‑1204421 |||| aaaaGCCAATATTGCATTATTCCTGTTTGTCACTTTGCTTCCGACGTATTTTCTAAGTGGGCTTTTACTTCTACTGGCAAATAAAATTCGTTTAATCGTAGCATTTAAGCGCTACTACCCTACTCTAACGCTGGATGCCATTTGGGGTAATTATCCGAAAATATGGCAGTCTCTCCTT‑ATTAGTTTTGTAGTGAGCTTACTAATCATGCTGAAACTATTCTATCAACCTAAAAAATCCCTTTATGGTAACg < 1:275186/251‑1 (MQ=255) 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1:643501/185‑1 (MQ=255) ttactaatcaTGCTGAAACTATTCTATCAACCTAAAAAATCCCTTTATGGTAACGCTGAATTTGCCACAAAATCAGAAGTACAAAAAATGGGTTTATTGGAAGAAAAAAACGGGATTATTGTCGGCAAACTCGGTAATAAACTGCTCCGTTTTATCGGTGCGCAATTTGTTTCACTGGCAGCGCCGACACGGGGAGGTaaa < 1:783674/192‑1 (MQ=255) ttactaatcaTGCTGAAACTATTCTATCAACCTAAAAAATCCCTTTATGGTAACGCTGAATTTGCCACAAAATCAGAAGTACAAAAAATGGGTTTATTGGAAGAAAAAAACGGGATTATTGTCGGCAAACTCGGTAATAAACTGCTCCGTTTTATCGGTGCGCAATTTGTTTCACTGGCAGCGCCGACACGGGGAGGTAAAAGCGTAGGGATTGTTATTCCAAATTTGCTGGCATGGGAACAATCTGTGGt < 1:185175/242‑1 (MQ=255) tactaatcaTGCTGAAACTATTCTATCAACCTAAAAAATCCCTTTATGGTAACGCTGAATTTGCCACAAAATCAGAAGTACAAAAAATGGGTTTATTGGAAGAAAAAAACGGGATTATTGTCGGCAAACTCGGTAATAAACTGCTCCGTTTTATCGGTGCGCAATTTGTTTCACTGGCAGCGCCGACACGGGGAGGTAAAAGCGTAGGGATTGTTATTCCAAATTTGCTGGCATGGGAAc > 1:830119/9‑240 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |