Predicted mutation
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RA	1	854,057	2 bp→TT	intergenic (‑4400/‑68160)	unknown ← / → unknown	tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	1	854,057	0	C	T	100.0%	37.0 / NA	16	intergenic (‑4400/‑68161)	unknown/unknown	tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (7/9);  total (7/9)
*	1	854,058	0	C	T	100.0%	37.7 / NA	16	intergenic (‑4401/‑68160)	unknown/unknown	tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (7/9);  total (7/9)

GAGAGATCCTGTAATGCTTGTGACATACCAGTAATTTCAGATTTACGAATAATACGTAACATAACATAAGTTAGATCAGGATTTAATGTTTTAAAGTCAGTTGCAACCTGTTTTAGTGCGGCCTCAATACTTATCCCTGTTTGTACATTAACAGCTACTAAATCAATGAATCCGGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTAGCTTTCAAAATAGAACCAATTAAAACCCCAGGAATGACAATAGTTATTATTAATATAGTTAGAAAGCCAAGTAACAGAGATGAACTGTCGGTAGTTTCATCAGTAAATGAATAAAG  >  1/853828‑854147                                                                                                                                                                                                                                      ||                                                                                          gagagaTCCTGCAATGCCTGCGACATACCGGTAATCTCGGATTTACGAATAATACGTAACATAACATAAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGtta                                                                        <  1:795950/250‑1 (MQ=255)     gaTCCTGCAATGCCTGCGACATACCGGTAATCTCGGATTTACGAATAATACGTAACATAACATAAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGttactatt                                                                   >  1:44947/1‑251 (MQ=255)         ctgcaaTGCCTGCGACATACCGGTAATCTCGGATTTACGAATAATACGTAACATAACATAAGGCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAata                                                               <  1:612008/247‑1 (MQ=255)                               gTAATCTCGGATTTACGAATAATACGTAACATAACATAAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAatat                                                              >  1:70082/1‑230 (MQ=255)                                     tcggATTTACGAATAATACGTAACATAACATAAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATGTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAATATAGTTAGAAAGCCAAGTAACAGAGATGa                                   <  1:694927/248‑1 (MQ=255)                                              cGAATAATACGTAACATAACATAAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAATATAGTTAGAAAGCCAAGTAACAGAGATGAGCTGTcagt                          <  1:205908/251‑4 (MQ=255)                                                    ataCGTAACATAACATAAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGttactatt                                                                   <  1:662688/204‑1 (MQ=255)                                                      aCGTAACATAACATAAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAATATAGTTAGAAAGCCAAGTAACAGAGATGAGCTGTcagt                          >  1:113262/1‑240 (MQ=255)                                                           acataacataAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAatat                                                              >  1:254665/1‑202 (MQ=255)                                                           acataacataAGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAatat                                                              <  1:578923/202‑1 (MQ=255)                                                             ataacataaGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAATATAGTTAGAAAGCCAAGTAACAGAGATGAGCTGTCAGTAGTTTTATCAATaag           <  1:527838/251‑2 (MQ=255)                                                              taacataaGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAg                                                                           <  1:320163/186‑1 (MQ=255)                                                                acataaGTCAGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAata                                                               >  1:341250/1‑196 (MQ=255)                                                                       tcaGATCAGGGTTTAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAATATAGTTAGAAAGCCAAGTAACAGAGATGAGCTGTCAGTAGTTTTATCAATAAGTGAATAAAg  <  1:432260/248‑1 (MQ=255)                                                                               gggtttAATATTTTAAAGTCAGTTGCAACGTGCTTTAGCGCAGCTTCAATACCCATTCCCGTTTGTAAATTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAatat                                                              >  1:34736/4‑182 (MQ=255)                                                                                                                                               gtaaaTTAACAGCTACTAAATCAATGAAACCTGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTGGATTTTAAAATAGAACCAATTAAAATTCCTGGAATAACAATAGTTACTATTAAtata                                                             >  1:424962/5‑119 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                                      ||                                                                                          GAGAGATCCTGTAATGCTTGTGACATACCAGTAATTTCAGATTTACGAATAATACGTAACATAACATAAGTTAGATCAGGATTTAATGTTTTAAAGTCAGTTGCAACCTGTTTTAGTGCGGCCTCAATACTTATCCCTGTTTGTACATTAACAGCTACTAAATCAATGAATCCGGCTAAATCATTCATGATTTTTTTAATTTTAGCTTTCAAAATAGAACCAATTAAAACCCCAGGAATGACAATAGTTATTATTAATATAGTTAGAAAGCCAAGTAACAGAGATGAACTGTCGGTAGTTTCATCAGTAAATGAATAAAG  >  1/853828‑854147

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑