| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 756,986 | G→A | intergenic (+19864/+63307) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Thr‑GGT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 756,986 | 0 | G | A | 98.5% | 174.4 / ‑6.5 | 65 | intergenic (+19864/+63307) | unknown/unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Thr‑GGT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (31/33); minor base T (0/1); total (31/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCGCGTCCTGTTTAAAATAATCCCCAAAACTGAAGTTTCCGAGCATTTCAAAGAATGTATGATGTCTGGCTGTGTAACCCACATTTTCTAAATCATTATGTTTTCCTCCGGCACGCACACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAGCTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTCCCATTTATAAAAAACCTTTTTAGCTATAATGCTTTATTTTTCCGACAAGACGAAAAAACCGCACTCACATTCAGAAATCATAAAAGTGCG > 1/756743‑757229 | gATCGCGTCCTGTTTAAAATAATCCCCAAAACTGAAGTTTCCGAGCATTTCAAAGAATGTATGATGTCTGGCTGTGTAACCCACATTTTCTAAATCATTATGTTTTCCTCCGGCACGCACACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACtt < 1:42856/250‑1 (MQ=255) 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tttCAAAGAATGTATGATGTCTGGCTGTGTAACCCACATTTTCTAAATCATTATGTTTTCCTCCGGCACGCACACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGt > 1:178611/1‑251 (MQ=255) cAAAGAATGTATGATGTCTGGCTGTGTAACCCACATTTTCTAAATCATTATGTTTTCCTCCGGCACGCACACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGc < 1:591533/222‑1 (MQ=255) aaTGTATGATGTCTGGCTGTGTAACCCACATTTTCTAAATCATTATGTTTTCCTCCGGCACGCACACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGaaaaattgccgaagccttctgtggatac < 1:259814/250‑24 (MQ=255) 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cacgcacACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGc < 1:131436/216‑1 (MQ=255) cacgcacACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAgg < 1:181982/250‑1 (MQ=255) cgcacACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACtt < 1:63197/135‑1 (MQ=255) acacaGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTg < 1:172136/251‑1 (MQ=255) 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ggCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTacacac > 1:299336/1‑249 (MQ=255) gCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAgg > 1:26099/1‑219 (MQ=255) gCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTacac > 1:79309/1‑246 (MQ=255) ataAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTc > 1:462807/1‑250 (MQ=255) aaGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTTCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCCATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTCCCa < 1:454463/251‑1 (MQ=255) cAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTCCCATTTATAAAAAAcc < 1:593800/251‑1 (MQ=255) aaaaaaCATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTCCCATTTATAAAAAACCTTTTTAGc < 1:190904/251‑1 (MQ=255) tttttAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTc > 1:536357/1‑141 (MQ=255) tttttAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTacac < 1:464799/212‑1 (MQ=255) aaTTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTacac > 1:204250/1‑206 (MQ=255) 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tCATTTTCCGGAACCAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTCCCATTTATAAAAAACCTTTTTAGCTATAATGCTTTATTTTTCCGACAAGACGAAAAAACCGCACTCACATTCAGaa < 1:90441/250‑1 (MQ=255) ccAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTCCCa > 1:710361/1‑164 (MQ=255) ccAAAGAACTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTCCCATTTATAAAAAACCTTTTTAGCTATAATGCTTTATTTTTCCGACAAGACGAAAAAACCGCACTCACATTCAGAAATCATAAAAGTGCg > 1:194140/1‑251 (MQ=255) | GATCGCGTCCTGTTTAAAATAATCCCCAAAACTGAAGTTTCCGAGCATTTCAAAGAATGTATGATGTCTGGCTGTGTAACCCACATTTTCTAAATCATTATGTTTTCCTCCGGCACGCACACAGCGTTGAGCGGTAGTGGCACGGCTATAAGGGCGTTTTTCCAAACCTAAAAAAACATTTTTAAATTGGTTCATTCCCGCATTGGTAAACAGTAATGTCGGGTCATTTTCCGGAACCAAAGAGCTACTTGCTACAACTTGATGCCCCTTGCTATGGAAAAAATCAAGATATGATTGTCGGATTTGTGCTGTTGTCTTCATTTACAAGCCTTGCTTTCTTAAAATATCTTTAGAATTAAAAGGTAATTGGGTAGCCGCGTATTGTTACACACTTTTCCCATTTATAAAAAACCTTTTTAGCTATAATGCTTTATTTTTCCGACAAGACGAAAAAACCGCACTCACATTCAGAAATCATAAAAGTGCG > 1/756743‑757229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |