| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 729,178 | G→A | intergenic (+13910/‑7789) | unknown → / → unknown | tRNA‑Arg‑TCT/tRNA‑Phe‑GAA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 729,178 | 0 | G | A | 99.0% | 248.5 / NA | 95 | intergenic (+13910/‑7789) | unknown/unknown | tRNA‑Arg‑TCT/tRNA‑Phe‑GAA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (56/38); total (56/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGTGATGATGGGCGTAAGTTAAAAGGGATTTTGGATTCCTATTATGTGGATAAAAACATCTCAATAACAATCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTGCCTGTTTAATAATCGCGTTAAAAAGTGCGGTGGGTTTTTTCGGTGTTTTTAGCAGACTGAATTGTTCCGGGCGCAGGAGCAGCGTACCGGTAGCATGTCCGCCGCTTTTGTCGATAATGGGAATATCACCGAGTTGGCAATGTGCATTTGAAGCGTTATTTAAGGTTGCGGGTAATGTGATGGCATCGCCGATAAAGGTAGCGGCAGCGAGGTGTTGCGGAGCGTGATAAAGGGTGTGCGGATCAG > 1/728934‑729424 | cTGTGATGATGGGCGTAAGTTAAAAGGGATTTTGGATTCCTATTATGTGGATAAAAACATCTCAATAACAATCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTACCTGtt > 1:43968/1‑251 (MQ=255) gtgATGATGGGCGTAAGTTAAAAGGGATTTTGGATTCCTATTATGTGGATAAAAACATCTCAATAACAATCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTACCTGTTta > 1:492943/1‑251 (MQ=255) gtgATGATGGGCGTAAGTTAAAAGGGATTTTGGATTCCTATTATGTGGATAAAAACATCTCAATAACAATCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTACCTGTTta > 1:546261/1‑251 (MQ=255) atgGGCGTAAGTTAAAAGGGATTTTGGATTCCTATTATGTGGATAAAAACATCTCAATAACAATCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTGCCTGTTTaataat < 1:733485/250‑1 (MQ=255) 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1:103810/1‑251 (MQ=255) | CTGTGATGATGGGCGTAAGTTAAAAGGGATTTTGGATTCCTATTATGTGGATAAAAACATCTCAATAACAATCCGGATTTAAGTAAGCCGGGAATCCGCCGATTATTCATAAAATAACCCTTCGCCATATAAATAAATCTCAACTTCTTCACCAACACGTAATCCCTCGCTATAACGCTCTTCTAAATTCACTTCCACTCCATTTA‑CCTTAATCTGAGCAATGGTTGTTTTGCCTCTAAACTCTGCCTGTTTAATAATCGCGTTAAAAAGTGCGGTGGGTTTTTTCGGTGTTTTTAGCAGACTGAATTGTTCCGGGCGCAGGAGCAGCGTACCGGTAGCATGTCCGCCGCTTTTGTCGATAATGGGAATATCACCGAGTTGGCAATGTGCATTTGAAGCGTTATTTAAGGTTGCGGGTAATGTGATGGCATCGCCGATAAAGGTAGCGGCAGCGAGGTGTTGCGGAGCGTGATAAAGGGTGTGCGGATCAG > 1/728934‑729424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |