| Predicted mutation | ||||||
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| RA | 1 | 682,723 | A→G | intergenic (+185170/‑16620) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | 1 | 682,723 | 0 | A | G | 98.8% | 232.1 / ‑5.5 | 82 | intergenic (+185170/‑16620) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (51/30); total (52/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
GGCTATTATGTAAGCACGGTAGGGCTAAATACAAAGGTAGTGTAGGAGTATATAAGGAATCAGGAAAAGGAAGACATGATTCAGGATAATTTATCGAAGAAAGAATATGTGGACCCCTTTAAGGGGTAGGTCATAGAGTTATTTCACGGTTGTTGGTTTTCATATGCCCTTTGAAGGGCATGTGAAGTACTAGGTCCTTATAGAGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACTCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGGAGCACTAA > 1/682520‑682968 | ggCTATTATGTAAGCACGGTAGGGCTAAATACAAAGGTAGTGTAGGAGTATATAAGGAATCAGGAAAAGGAAGACATGATTCAGGATAATTTATCGAAGAAAGAATATGTGGACCCCTTTAAGGGGTAGGTCATAGAGTTATTTCACGGTTGTTGGTTTTCATATGCCCTTTGAAGGGCATGTGAAGTACTAGGTCTTTATAGAGTAGCCTAAAAACTGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTAttttatgat > 1:203148/1‑246 (MQ=2)ggCTATTATGTAAGCACGGTAGGGCTAAATACAAAGGTAGTGTAGGAGTATATAAGGAATCAGGAAAAGGAAGACATGATTCAGGATAATTTATCGAAGAAAGAATATGTGGACCCCTTTAAGGGGTAGGTCATAGAGTTATTTCACGGTTGTTGGTTTTCATATGCCCTTTGAAGGGCATGTGAAGTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTg > 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gTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTtttaattta > 1:61688/1‑251 (MQ=255) gTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTtttaattta > 1:213221/1‑251 (MQ=255) gTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTtttaattta > 1:391296/1‑251 (MQ=255) aCTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTtttaatttaa > 1:626927/1‑250 (MQ=255) tAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACgg < 1:121738/251‑1 (MQ=255) ggcccTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGGAg > 1:103822/4‑251 (MQ=255) 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cccTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGGAGc < 1:10474/249‑1 (MQ=255) cccTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGGAGCa > 1:350785/2‑251 (MQ=255) cccTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGGAGCa > 1:409779/2‑251 (MQ=255) cTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATg < 1:748811/170‑1 (MQ=255) cTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCAccc > 1:199852/1‑192 (MQ=255) cTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTAt > 1:533922/1‑204 (MQ=255) cTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGGAGCa > 1:8065/1‑249 (MQ=255) ttATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTcac < 1:168824/60‑1 (MQ=255) tataGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGGAGCACTaa < 1:399738/251‑1 (MQ=255) | GGCTATTATGTAAGCACGGTAGGGCTAAATACAAAGGTAGTGTAGGAGTATATAAGGAATCAGGAAAAGGAAGACATGATTCAGGATAATTTATCGAAGAAAGAATATGTGGACCCCTTTAAGGGGTAGGTCATAGAGTTATTTCACGGTTGTTGGTTTTCATATGCCCTTTGAAGGGCATGTGAAGTACTAGGTCCTTATAGAGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACTCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGGAGCACTAA > 1/682520‑682968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |