| Predicted mutation | ||||||
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| RA | 1 | 682,714 | T→C | intergenic (+185161/‑16629) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | 1 | 682,714 | 0 | T | C | 98.5% | 184.5 / ‑5.1 | 68 | intergenic (+185161/‑16629) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (41/26); total (42/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
GGCTATTATGTAAGCACGGTAGGGCTAAATACAAAGGTAGTGTAGGAGTATATAAGGAATCAGGAAAAGGAAGACATGATTCAGGATAATTTATCGAAGAAAGAATATGTGGACCCCTTTAAGGGGTAGGTCATAGAGTTATTTCACGGTTGTTGGTTTTCATATGCCCTTTGAAGGGCATGTGAAGTACTAGGTCCTTATAGAGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACTCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGG > 1/682520‑682960 | ggCTATTATGTAAGCACGGTAGGGCTAAATACAAAGGTAGTGTAGGAGTATATAAGGAATCAGGAAAAGGAAGACATGATTCAGGATAATTTATCGAAGAAAGAATATGTGGACCCCTTTAAGGGGTAGGTCATAGAGTTATTTCACGGTTGTTGGTTTTCATATGCCCTTTGAAGGGCATGTGAAGTACTAGGTCTTTATAGAGTAGCCTAAAAACTGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTAttttatgat > 1:203148/1‑246 (MQ=2)ggCTATTATGTAAGCACGGTAGGGCTAAATACAAAGGTAGTGTAGGAGTATATAAGGAATCAGGAAAAGGAAGACATGATTCAGGATAATTTATCGAAGAAAGAATATGTGGACCCCTTTAAGGGGTAGGTCATAGAGTTATTTCACGGTTGTTGGTTTTCATATGCCCTTTGAAGGGCATGTGAAGTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTg > 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gtgAAGTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTttta > 1:647553/1‑251 (MQ=255) gtgAAGTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTttta > 1:841238/1‑251 (MQ=255) gTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAGCATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTg < 1:865443/169‑1 (MQ=255) gTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCAccc < 1:718687/204‑3 (MQ=255) gTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTtttaattta > 1:213221/1‑251 (MQ=255) gTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTtttaattta > 1:61688/1‑251 (MQ=255) gTACTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTtttaattta > 1:391296/1‑251 (MQ=255) aCTAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTtttaatttaa > 1:626927/1‑250 (MQ=255) tAGGCCCTTATAGGGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACCCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACgg < 1:121738/251‑1 (MQ=255) | GGCTATTATGTAAGCACGGTAGGGCTAAATACAAAGGTAGTGTAGGAGTATATAAGGAATCAGGAAAAGGAAGACATGATTCAGGATAATTTATCGAAGAAAGAATATGTGGACCCCTTTAAGGGGTAGGTCATAGAGTTATTTCACGGTTGTTGGTTTTCATATGCCCTTTGAAGGGCATGTGAAGTACTAGGTCCTTATAGAGTAGCCTAAAAACCGCACGTTTTACGTGCGGATTGTTATTTTTCTTGATTCACAGCTAAAAAACATCTGGAAATTCGACCGCACTTTTTGTTGTTTACGTCTCAAATTCATTCTTTTCATGAAAGCGTATAAGTTATTTAAAAGCTTATTGCTTTCGTTATGTTTTTTGTGCTAGAATCCGCACTCTATCCATTATGGGTAGGTTCGTCCCGCAAGGGTGGTTTTTTAATTTAACGG > 1/682520‑682960 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |