| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 639,242 | G→A | intergenic (+141689/‑60101) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 639,242 | 0 | G | A | 99.0% | 253.8 / ‑3.6 | 96 | intergenic (+141689/‑60101) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (50/45); minor base . (0/1); total (50/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
TCGCCGCGTGACACAATGTGAAATTTGCCGATTAAATTGGGTTCCTGCTTGTGATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCCTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAATAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGCCAGA‑TTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAGCCATCGATTAGCGCATTCGGCGGCAGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATAATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCACCCAAATTAGGCACCCAGGTTTCCGGTGTGAAAATAAGGAACGACAAGGTAACGATGGACATCCCGAACGTGAGCAACCCGCCAAATAAGCCCAATGTCGGCGACCAGATACCG > 1/639007‑639480 | tCGCCGCGTGACACAATGTGAAATTTGCCGATTAAATTGGGTTCCTGCTTGTGATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGAtttgcac < 1:206998/251‑6 (MQ=255) ccgcGTGACACAATGTGAAATTTGCCGATTAAATTGGGTTCCTGCTTGTGATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACAtt > 1:84031/1‑251 (MQ=255) aTGTGAAATTTGCCGATTAAATTGGGTTCCTGCTTGTGATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCaa > 1:278345/1‑251 (MQ=255) aTTAAATTGGGTTCCTGCTTGTGATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCca < 1:332415/251‑1 (MQ=255) aTTAAATTGGGTTCCTGCTTGTGATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCca > 1:261160/1‑251 (MQ=255) gCTTGTGATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCttt > 1:311868/1‑251 (MQ=255) cTTGTGATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTta > 1:571639/1‑251 (MQ=255) gtgATGAATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAAtcctc > 1:89719/1‑225 (MQ=255) atgaATCAGCCAGTCTCCCCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAAc < 1:142275/250‑1 (MQ=255) atgaATCAGCCAGTCTCACCGGAAACGGCAGAGGATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAAc < 1:142292/250‑1 (MQ=255) 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ggATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAAc > 1:233774/1‑250 (MQ=255) ggATATTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGCGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAAc > 1:587501/1‑250 (MQ=255) atatTGATTTCTCCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAggg < 1:147407/244‑1 (MQ=255) ctcCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGataaataa > 1:263398/1‑231 (MQ=255) ctcCTTCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGt < 1:116363/251‑1 (MQ=255) ccttCAATGCCCGATAATCGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATc < 1:326592/192‑1 (MQ=255) 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cGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCgg > 1:694718/1‑228 (MQ=255) cGGATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAAt > 1:705444/1‑251 (MQ=255) gATAAGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATaa < 1:66483/221‑1 (MQ=255) aaGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAATTAgg > 1:50923/1‑250 (MQ=255) aaGCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAATTAGGc < 1:677133/251‑1 (MQ=255) gCTGATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATc < 1:472947/233‑1 (MQ=255) gATCTAAGTAGTCCATATTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAAcc < 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< 1:285609/249‑1 (MQ=255) atatTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAATTAGGCACCCAGGTCTCCGGTGTGa < 1:654875/251‑1 (MQ=255) atTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAATTAGGCACCCAGGTCTCCGGTGTGaaa > 1:503983/1‑251 (MQ=255) atTTCAATGTTTGCCCTGATTAAACGAAGAAGCCTATCACAAGGTGATAAGCTTCAGTTAGATTTTACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAATTAGGCACCCAGGTCTCCGGTGTGaaa > 1:447035/1‑251 (MQ=255) 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attttACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCGCCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAATTAGGCACCCAAGTCTCCGGTGTGAAAATAAGGAACGTCAAAGTGACGATGGACATTCCGAACGTGAGCAACCCGCCAAATAAGccc < 1:762812/248‑1 (MQ=255) attttACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAATTAGGCACCCAGGTCTCCGGTGTGAAAATAAGGAACGACAAAGTGACGATGGACATTCCGAACGTGAGCAACCCGCCAAATAAGccc < 1:648882/248‑1 (MQ=255) ttACAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGAAACCATAATTCGGCGTTGGTAAATCACCGCCCAAATTAGGCACCCAGGTCTCCGGTGTGAAAATAAGGAACGACAAAGTGACGATGGACATTCCGAACGTGAGCAACCCGCCAAATAAGCCCAATg > 1:391655/1‑251 (MQ=255) cAATTAGACGGATTGTTTCGCCTTTAACCACCGATTTGCACATTCGGCGGCGGCAACCAATCCTCCTGCCATCATGATGATATCTTTAATAACCAGCCGCCCTGCCGCAGATAAATAAGGGaaa < 1:595875/124‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |