| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 638,781 | C→T | intergenic (+141228/‑60562) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 638,781 | 0 | C | T | 99.1% | 296.8 / NA | 109 | intergenic (+141228/‑60562) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (59/49); minor base A (1/0); total (60/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGTTGCCTAAATTTTCCTCAGTTTCTTTGCGAAGGAGCTCCAGCAACGCCATGATGGCGGAGTTATTGCTTGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGCAGGTTTTGGGCAAGATTGAGATAACGGAAATAACCGCAGAGCATTTCAAAATCATCGGATTCGCTTGTGCTGTTACGATGCAATGTGAATGCGCCCTGCGTGGTTTCGGTAATCGGGCTTTCTGTT‑CCCGCGCCGTGATAAAGGCTATGTTCCTCACCATAAGGCAGGAAGATTACATCGCCCGGTTTTAGATGGCAGGTTTGATTTTTCAGCCGAATCTGACATTCGCCGCGTGACACAA > 1/638539‑639022 | gTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGTAGGTTTTg > 1:262230/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |