| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 638,700 | A→G | intergenic (+141147/‑60643) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 638,700 | 0 | A | G | 98.9% | 250.9 / NA | 92 | intergenic (+141147/‑60643) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (53/38); total (53/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGATGAAGTTGGCACGCGACATAGCACAACTTTCCGCTAAGGCTTCCATGCTCCAACTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGTTGCCTAAATTTTCCTCAGTTTCTTTGCGAAGGAGCTCCAGCAACGCCATGATGGCGGAGTTATTGCTTGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGCAGGTTTTGGGCAAGATTGAGATAACGGAAATAACCGCAGAGCATTTCAAAATCATCGGATTCGCTTGTGCTGTTACGATGCAATGTGAATGCGCCCTGCGTGGTTTCGGTAATCGGGCTTTCTGTTCCCGCGCCGTGATAAAGGCTATGTTCCTCACCATAAGGC > 1/638470‑638946 | cgGATGAAGTTGGCACGCGACATAGCACAACTTTCCGCTAAGGCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCgcagtaatt > 1:412281/1‑242 (MQ=255) tGAAGTTGGCACGCGACATAGCACAACTTTCCGCTAAGGCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCgcagtaattccagt < 1:287841/251‑14 (MQ=255) aaGTTGGCACGCGACATAGCACAACTTTCCGCTAAGGCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCgcagtaattccagtag > 1:584848/1‑236 (MQ=255) gCACGCGACATAGCACAACTTTCCGCTAAGGCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCgcagtaattccagtagcgccat > 1:559850/1‑230 (MQ=255) aCTTTCCGCTAAGGCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTg > 1:10263/1‑250 (MQ=255) ggCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATAc > 1:112585/1‑250 (MQ=255) gCTTCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATAc < 1:845925/249‑1 (MQ=255) ttCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAAt < 1:470891/251‑1 (MQ=255) ttCCATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAAt < 1:310292/251‑1 (MQ=255) ccATGCTCCAGCTTTTTTTAGGCGTTTCCACCATAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATgg < 1:87883/251‑1 (MQ=255) 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tAGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGTAGGTTTTGGGCAAGATTg > 1:176030/1‑251 (MQ=255) aGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGTAGGTTTTGGGc > 1:669463/1‑243 (MQ=255) aGCATTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGTAGGTTTTGGGCAAGATTga > 1:184250/1‑251 (MQ=255) aTTTACCGCATTTTTTAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGTAGGTTTTGGGCAAGATTGAGAt < 1:195294/251‑1 (MQ=255) ttttAAACGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGTAGGTTTTGGGCAAGATTGAGAt > 1:78265/1‑239 (MQ=255) cGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCgcagtaattccagtag < 1:756655/155‑16 (MQ=255) cGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCgcagtaattccagt > 1:395086/1‑140 (MQ=255) cGTTTATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATGGGGCAAGTTAAAAAGTAGGTTTTGGGCAAGATTGAGATAACGGAAATAACCGCagaa > 1:210692/1‑250 (MQ=255) ttATCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATgg > 1:56057/1‑192 (MQ=255) aTCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCgcagtaattccagt > 1:518593/1‑135 (MQ=255) aTCCTGCAAAGCGCCGAGAATGCCTTGGTTGACTTGATGATGTTGCAGATAATCTCTGATCAGGTAAGTAAAGAGAATATTGCATAGCGCGTTGACCACCACTTTGCTGCCTAAATTTTCCTCGGTTTCTTTGCGCAGTAATTCCAGTAGCGCCATGATGGCGATGTTATTGCTGGAAAGATACCAATgggg < 1:894880/192‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |