| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 622,390 | G→A | intergenic (+124837/‑76953) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 622,390 | 0 | G | A | 100.0% | 160.6 / NA | 60 | intergenic (+124837/‑76953) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (28/32); total (28/32) | |||||||||||
GTTTTATATGACCGAATTTTTGCATTGCCGCTTGCTGTGGACCTCTTTAGCGTTATTTAATGGGATATATGTTGTAAGATTTCAGCAGGAGGGGAAATTGGCATGTTATCTGCTAGAAAGGTCGGCACGCCCAGTACGTTTCCAACAACAAGCAAGATCCGCAGGTTTACCGCTTCGCTGCATTAAGGCTTATAGCCTTAATAATTCACCCTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACGGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGATATTAAACTTCACGAAACTGAAAACGATCAATTCCTTTTACATTTTGAGGGAAAAGTAAGAGGCATTGTAGTTTATTTTAACTATTGATTTTGATCATGTTTTTGTCAGTTTTTGGGATGCTCGGTTATCTTTTGTGATCGATTTCAAA > 1/622155‑622635 | gTTTTATATGACCGAATTTTTGCATTGCCGCTTGCTGTGGACCTCTTTAGCGTTATTTAATGGGATATATGTTGTAAGATTTCAGCAGGAGGGGAAATTGGCATGTTATCTGCTAGAAAGGTCGGCACGCCCAGTACGTTTCCAACAACAAGCAAGATCCGCAGGTTTACCGCTTCGCTGCATTAAGGCTTATAGCCTTAATAATTCACCCTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAAttt > 1:295806/1‑251 (MQ=255) 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1:859662/223‑1 (MQ=255) ttgtAAGATTTCAGCAGGAGGGGAAATTGGCATGTTATCTGCTAGAAAGGTCGGCACGCCCAGTACGTTTCCAACAACAAGCAAGATCCGCAGGTTTACCGCTTCGCTGCATTAAGGCTTATAGCCTTAATAATTCACCCTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTa > 1:118756/1‑251 (MQ=255) cagcagGAGGGGAAATTGGCATGTTATCTGCTAGAAAGGTCGGCACGCCCAGTACGTTTCCAACAACAAGCAAGATCCGCAGGTTTACCGCTTCGCTGCATTAAGGCTTATAGCCTTAATAATTCACCCTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAg > 1:220293/1‑249 (MQ=255) cagGAGGGGAAATTGGCATGTTATCTGCTAGAAAGGTCGGCACGCCCAGTACGTTTCCAACAACAAGCAAGATCCGCAGGTTTACCGCTTCGCTGCATTAAGGCTTATAGCCTTAATAATTCACCCTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGat < 1:231606/248‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agcaagATCCGCAGGTTTACCGCTTCGCTGCATTAAGGCTTATAGCCTTAATAATTCACCCTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTcaac < 1:400949/163‑1 (MQ=255) caagATCCGCAGGTTTACCGCTTCGCTGCATTAAGGCTTATAGCCTTAATAATTCACCCTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGATATTAAACTTCACGAAACTGAAAACGATCAATTCCTTTTACATTTTGAGGGAAAAGTAAGAGGCATTGt < 1:441590/249‑1 (MQ=255) aTCCGCAGGTTTACCGCTTCGCTGCATTAAGGCTTATAGCCTTAATAATTCACCCTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGATATTAAACTTCACGAAACTGAAAACGATCAATTCCTTTTACATTTTGAGGGAAAAGTAAGAGGCATTGTAGTTTa > 1:558291/1‑251 (MQ=255) 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cTTTTAAAGTGCTCAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGATATTAAACTTCACGAAACTGAAAACGATCAATTCCTTTTACATTTTGAGGGAAAAGTAAGAgg < 1:650908/185‑1 (MQ=255) cAAGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGATATTAAACTTCACGAAACTGAAAACGATCAATTc > 1:282977/1‑143 (MQ=255) aGAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGATATTAAACTTCACGAAACTGAAAACGATCAATTCCTTTTACATTTTGAGGGAAAAGTAAGAGGCATTGTAGTTTAtttt > 1:15062/1‑186 (MQ=255) gAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGATATTAAAc < 1:477993/114‑1 (MQ=255) gAAACAAACAGTGAAAAGCAAATTTTCAACCAAAGCCCATAGGGGATTTAATTGTGAACAACGAAAAAATTTCAAATATCTCTCAACAAGTAATTACTATTTTAGATATTAAACTTCACGAAACTGAAAACGATCAATTCCTTTTACAt < 1:838568/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |