| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 617,755 | A→G | intergenic (+120202/‑81588) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 617,755 | 0 | A | G | 98.9% | 242.5 / NA | 93 | intergenic (+120202/‑81588) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (46/46); minor base T (0/1); total (46/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
GCAAACGGACAAGCCTTTACCCTGATGGAAGTGGCGTCATTGATGAGCGTGATTATCGCCTCATTAGCCACACTTGCCATGTTGCGGGTGAACAGCATGTGGTTTGTGTTGCCAATTGTGTATTGCTTTTCCATGGTTAATAATCTGGTTTGTGCCACTTTTATTCCAAGCCATATTATTCAGCTGTTGAATCAAAACGGTTCCATGTTATTTCATATCGGCTTGTCCATTTTTGCCTACGCGGTATACTGCATCGCCACGCTATACGCCATTCAACTGGGCTGGATTGACCGTCGC‑TTAAAAGCTAAAAAAATGCACTTTTC‑GCCGATGGTGCCGCCATTGATGACGGTGGAACGCCATTTTTTCCGTTTATTGGTAAGCGGTGAAATATTGCTGACGCTGACCTTGATTTCCGGCTCCTACCATTTGATGCACGCTATGACGCCCGACAATCTTCATAAAGGAGGATTTTCATTGCTCGGTTGGATTGTATT > 1/617508‑618001 | ctggcaaacggacaagcctttaccctgatggaagtggcgtcattgatgagcgtgattatcgcctcattagccacacttgccatgttgcgggtgaacagcatgtggtttgtgttgccaattgtgtattgcttttccatggtTAATCTGGTTTGTGCCACTTTTATTCCAAGCCATATTATTCAGCTGTTGAATCAAAACGGTTCCATGTTATTTCATATCGGCTTGTCCATTTT‑GCCTACGCGGTAtgctgc > 1:519221‑M1/141‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |