| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 569,315 | T→C | intergenic (+71762/‑130028) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 569,315 | 0 | T | C | 99.0% | 277.1 / ‑5.0 | 98 | intergenic (+71762/‑130028) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (38/59); total (38/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
CTCATTAAACAGCCTTTTTCTCCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCTAGGCGCTATCTTACTATCTTAAGACAATGAAATGAATATCTCTGCTCATAAAAAGATAACCTCGCAGCCACATGGTGCTGCTTGAATTGCACTTTTTTTTTCTGTAAAATTCGCAGCCTTACACACAAACGTGCCATTTTAGAATGGCGTAATATTAATCTCATGCGGTGTCAGGGATTGCTTCTGCGATTGGCTTGATAGCGGCATGGCTTCAAATTTGAGGTTTTCTATGAAACAAGGTATTC > 1/569070‑569560 | cTCATTAAACAGCCTTTTTCTCCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGgcg < 1:511198/251‑1 (MQ=255) aaaCAGCCTTTTTCTCCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGctatct < 1:284067/251‑1 (MQ=255) gCCTTTTTCTCCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGctatcttacta > 1:465770/1‑251 (MQ=255) ccTTTTTCTCCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGctatcttacta < 1:366511/250‑1 (MQ=255) ccTTTTTCTCCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGctatcttacta < 1:666015/250‑1 (MQ=255) cTTTTTCTCCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGctatcttactatc < 1:890966/251‑1 (MQ=255) ctcCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGctatcttacta > 1:668672/1‑243 (MQ=255) ctcCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGCTATCTTACTATCTTAAGa > 1:655463/1‑251 (MQ=255) tcCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGCTATCTTACTATCTTAAGa > 1:331656/1‑250 (MQ=255) tcCCATGGTGAGCTGAGCGGCGTTCGCAACATTCGGAAGATAGCGCTGCAAATGATCGGTCAATTTATCGGATGGCGTAAAAGCATCAAAAAATTCAAAGGGAATATTTTGATGAGTAAATTGTTCAATAATGTGGTTTCTGCGTTGTTCAGCCGTCGAAATGCTGATAACAAAATTTTTATTTTCCGTGGAATTCATAGAGATACATGAAATTGTGCCTTAGGCCAGGCGCTATCTTACTATCTTAAGAc < 1:654648/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |