| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 497,862 | C→T | intergenic (+309/‑201481) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 497,862 | 0 | C | T | 92.5% | 184.5 / 3.0 | 80 | intergenic (+309/‑201481) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/1); new base T (39/35); total (44/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
GCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGCCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATGAAAAAGAAAGCGATTGAAATCC > 1/497618‑498054 | gCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCaa > 1:698424/1‑251 (MQ=255) gTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAAc < 1:72046/236‑1 (MQ=255) gTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGt > 1:442439/1‑251 (MQ=255) aCCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGt > 1:490786/1‑251 (MQ=255) cccGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTg > 1:689712/1‑251 (MQ=255) cccGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTg > 1:656487/1‑251 (MQ=255) cccGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTg > 1:845976/1‑251 (MQ=255) cGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGa < 1:639863/229‑1 (MQ=255) 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ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAag > 1:90337/1‑184 (MQ=255) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATgg > 1:329445/1‑196 (MQ=38) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATgg < 1:768899/196‑1 (MQ=38) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAAt > 1:635466/1‑204 (MQ=38) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTtatat > 1:413223/1‑214 (MQ=38) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAAc < 1:586638/218‑1 (MQ=38) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATg > 1:249194/1‑251 (MQ=25) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATg > 1:292542/1‑251 (MQ=25) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATg > 1:551074/1‑251 (MQ=25) ccTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATg > 1:645188/1‑251 (MQ=25) 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gacacGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGa > 1:629087/5‑230 (MQ=11) cccGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAAt > 1:444670/1‑214 (MQ=14) ccGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATGAAAAAGAAAGCGATTGAAATcc < 1:540026/251‑1 (MQ=11) | GCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGCCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCGAAACTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGT‑AAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATGAAAAAGAAAGCGATTGAAATCC > 1/497618‑498054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |