| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 470,809 | G→A | intergenic (‑53987/‑26654) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 470,809 | 0 | G | A | 98.9% | 259.8 / NA | 92 | intergenic (‑53987/‑26654) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (42/49); minor base T (0/1); total (42/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGAAAACACAGCGATTCCTGCACAGTTTGATTATGCTAAAGTCTCCGGTTTATCAAACGAAGTACGTGCTAAGTTAGAACAACATCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGGTCGATTTTGACCGCACTTTTTTATCACTAACCCAATAATTCCTGATAAATCCTCAAATCCATGTCTTTAAATACATTAAGCA‑CCATATACA‑TTTCCGGGTTATCTCGCCTTATAAGAAGTAAATGTGCGGGGCGATGAGGTGAGATCGGCTAAGCCTATCACGCATTTTT‑GCCAGCCTAAGGTTAAAAACCGAGGATAGCGAATATCCTCGGTTAAGCATCAAACCTTGTTATGGT > 1/470570‑471045 | cACGAAAACACAGCGATTCCTGCACAGTTTGATTATGCTAAAGTCTCCGGTTTATCAAACGAAGTACGTGCTAAGTTAGAACAACATCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGa > 1:871952/1‑250 (MQ=255)cACGAAAACACAGCGATTCCTGCACAGTTTGATTATGCTAAAGTCTCCGGTTTATCAAACGAAGTACGTGCTAAGTTAGAACAACATCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGAc < 1:84869/251‑1 (MQ=255) ttCCTGCACAGTTTGATTATGCTAAAGTCTCCGGTTTATCAAACGAAGTACGTGCTAAGTTAGAACAACATCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGAc < 1:586112/235‑1 (MQ=255) ttCCTGCACAGTTTGATTATGCTAAAGTCTCCGGTTTATCAAACGAAGTACGTGCTAAGTTAGAACAACATCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGACCGCACTTTTTTATCAc < 1:577277/251‑1 (MQ=255) 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> 1:663200/1‑184 (MQ=255) gTACGTGCTAAGTTAGAACAACATCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGACCGCACTTTTTTATCACTAACCCAATAATTCCTGATAAATCCTCAAATCCATGTCTTTAAATa > 1:785099/1‑250 (MQ=255) tGCTAAGTTAGAACAACATCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGACCGCACTTTTTTATCACTAACCCaataa > 1:95475/1‑210 (MQ=255) tGCTAAGTTAGAACAACATCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGACCGCACTTTTTTATCACTAACCCAATAATTCCTGATAAATCCTCAAATCCATGTCTTTaaa > 1:156533/1‑243 (MQ=255) 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caacaTCGTCCGGTGTCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGACCGCACTTTTTTATCACTAACCCAATAATTCCTGATAAATCCTCAAATCCATGTCTTTAAATACATTAAGCA‑CCATATACA‑t < 1:36437/251‑1 (MQ=255) gtgtCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCTTTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGACCGCACTTTTTTATCACTAACCCAATAATTCCTGATAAATCCTCAAATCCATGTCTTTAAATACATTAAGCA‑CCATATACA‑TTTCCGGGTTAt > 1:656736/1‑250 (MQ=255) gtgtCTATCGGGCAAGCAAGCCGTATTTCCGGCATCACGCCAGCAGCTATTTCCATCATTTTAGTGAACTTGAAAAAACAAGGGATGTTAAAGCGTGGGGAGTAATCTAGTAATCTTTCCCTCTCGCTAAAAAACAAAAAAGTGCGATCGATTTTGACCGCACTTTTTTATCACTAACCCAATAATTCCTGATAAATCCTCAAATCCATGTCTTTAAATACATTAAGCA‑CCATATACA‑TTTCCGGGTTAt > 1:227526/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |