| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 461,910 | T→C | intergenic (‑45088/‑35553) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 461,910 | 0 | T | C | 98.9% | 255.8 / NA | 93 | intergenic (‑45088/‑35553) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (44/48); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTCTACCAAACCCCTCACCATACCTTTCACTTCTTCAAGATGCGCCTGCATTAACGTATCACCTAACCATGCGATACCGAAAATGGCGATAACTGCACGTATACCGGCATGAAATACCGAACCCTTGGTAATTTCCGTACCGTCCGGTTTACAGGTTAAGATAATTAATGCACCGATGGTTAACATAATAATTTCAATGGTGTGTGCCATACCCATCGGTTTGCCGTCGAATACCGGACGTAATGAAGGCATTGCCCCCATTAAAACCACAAGTAATGCACCGAATAAGAATAGTGAGACGGAAATTTTTGCGGTTTTGCTGATTTCAAGTTCTTTACTGCTAGTGGTTGAATTGAAAGCTTCCGCATATTTAGGATCGTTTAAACGACGTTGATATTCCGGATCATCTTTTAATTCTTTGCCCATTTTGTTCACAAAGATACAAGCAAGGAAAAGACCGATTATAGTAGAAGGA > 1/461677‑462153 | gTTTCTACCAAACCCCTCACCATACCTTTCACTTCTTCAAGATGCGCCTGCATTAACGTATCACCTAACCATGCGATACCGAAAATGGCGATAACTGCACGCATACCGGCATGAAATACCGAACCCTTGGTAATTTCCGTACCGTCCGGTTTACAGGTTAAGATAATTAATGCACCGATGGTTAACATAATAATTTCAATGGTGTGTGCCATACCCATCGGTTTGCCGTCGAACACCGGACGTAATGAAgg > 1:49552/1‑251 (MQ=255)gTTTCTACCAAACCCCTCACCATACCTTTCACTTCTTCAAGATGCGCCTGCATTAACGTATCACCTAACCATGCGATACCGAAAATGGCGATAACTGCACGCATACCGGCATGAAATACCGAACCCTTGGTAATTTCCGTACCGTCCGGTTTACAGGTTAAGATAATTAATGCACCGATGGTTAACATAATAATTTCAATGGTGTGTGCCATACCCATCGGTTTGCCGTCGAACACCGGACGTAATGAAgg > 1:777196/1‑251 (MQ=255) ttcttcAAGATGCGCCTGCATTAACGTATCACCTAACCATGCGATACCGAAAATGGCGATAACTGCACGCATACCGGCATGAAATACCGAACCCTTGGTAATTTCCGTACCGTCCGGTTTACAGGTTAAGATAATTAATGCACCGATGGTTAACATAATAATTTCAATGGTGTGTGCCATACCCATCGGTTTGCCGTCGAACACCGGACGTAATGAAGGCATTGCCCCCATTAAAACCACAAGTAATGCAc < 1:809694/251‑1 (MQ=255) tcttcAAGATGCGCCTGCATTAACGTATCACCTAACCATGCGATACCGAAAATGGCGATAACTGCACGCATACCGGCATGAAATACCGAACCCTTGGTAATTTCCGTACCGTCCGGTTTACAGGTTAAGATAATTAATGCACCGATGGTTAACATAATAATTTCAATGGTGTGTGCCATACCCATCGGTTTGCCGTCGAACACCGGACGTAATGAAGGCATTGCCCCCATTAAAACCACAAGTAATGCAc > 1:84975/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |