| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 34,002 | C→G | intergenic (–/+97132) | – / ← unknown | –/tRNA‑Ala‑GGC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 34,002 | 0 | C | G | 98.7% | 204.1 / ‑6.0 | 75 | intergenic (–/+97132) | –/unknown | –/tRNA‑Ala‑GGC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (29/45); total (29/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTCAGTATCGCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACCCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTATGTTGTGACTTCCGTTCATTCATCAATAAGGAGAGAAAAAATGGGTTTATTTGATTTTATCGGTGACATCGGT‑AAAAAAATCTTCAGCAAAGAAGAAGAGGCCTCCACTGCCGTCACCAAACACATTAACGAAGACA > 1/33756‑34241 | ccTCAGTATCGCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATa > 1:83287/1‑251 (MQ=255)ccTCAGTATCGCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATa > 1:472415/1‑251 (MQ=255) tCAGTATCGCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAAc < 1:822501/251‑1 (MQ=255) gTATCGCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAAcc > 1:137607/1‑249 (MQ=255) gTATCGCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAAcc > 1:324410/1‑249 (MQ=255) gaacGCCGAGCCCCACTTTGGAAGCCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCGGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAAGAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAAccc < 1:265365/246‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTc < 1:171478/251‑1 (MQ=255) gCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTa > 1:809609/1‑251 (MQ=255) ccccAGCCCCTCTTTGGAACCCCCCGCCAGCTCTTTTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCCCTTCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTa < 1:58181/250‑1 (MQ=255) cccAGCACCATTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTAt < 1:609571/251‑1 (MQ=255) ccccccTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGAt < 1:727029/245‑1 (MQ=255) cTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCt > 1:848800/1‑239 (MQ=255) ggAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCACCCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTg < 1:757530/239‑1 (MQ=255) 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cGATTGCAAAGGTGTGGTTAGGGTTGCGCCAACATCACGCCCGCTGAATAAGCCCAAAAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGAGAATAATTATCCCAAGAGTACAGGTGGGTCTGCCGCCGCCAAATCCACCACCTGTCGAACGTCTGTCTGCCGCGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTcc < 1:503735/251‑1 (MQ=255) cGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTcc < 1:491613/251‑1 (MQ=255) cGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTcc < 1:304221/251‑1 (MQ=255) cGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTcc < 1:739138/251‑1 (MQ=255) ggCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATc > 1:673812/1‑227 (MQ=255) gCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCctacta < 1:272854/249‑1 (MQ=255) ggTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAAccc > 1:248340/1‑230 (MQ=255) ttGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTc < 1:711663/251‑1 (MQ=255) ttGCGCCCACATCACCCCCGCCGACTAACCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGa < 1:571653/250‑1 (MQ=255) ttGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGAc < 1:830792/251‑1 (MQ=255) ccACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTatat < 1:304179/251‑1 (MQ=255) caTCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGAt > 1:170152/1‑179 (MQ=255) cccccGCCGACTAATCCCGATAAACCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAAt < 1:643222/250‑1 (MQ=255) cccGCCGACTAACCCCGATAAACCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTg < 1:849232/251‑1 (MQ=255) gACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACtattttat > 1:672238/1‑221 (MQ=255) 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aTACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTatat < 1:781748/174‑1 (MQ=255) cGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTATGTTGTGACTTCCGTTCATTCATCAATAAGGAGAGAAAAAATGGGTTTATTTGATTTTATCGGTGAc < 1:374743/251‑1 (MQ=255) aCCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGcc < 1:788432/132‑1 (MQ=255) accTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTATGTTGTGACTTCCGTTCATTCATCAATAAGGAGAGAAAAAATGGGTTTATTTGATTTTATCGGTGACATCGGT‑AAAAAAATCTTCAGCAaagaag < 1:560923/251‑1 (MQ=255) 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ttCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTATGTTGTGACTTCCGTTCATTCATCAATAAGGAGAGAAAAAATGGGTTTATTTGATTTTATCGGTGACATCGGT‑AAAAAAATCTTCAGCAAAGAAGAAGAGGCCTCCACTGCCg > 1:861398/1‑251 (MQ=255) cGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTAtgttg > 1:865826/1‑138 (MQ=255) tttGAGCTTTCCCTACGCCCTTGCCAACCCATAACCCTTCCTATTGATTAAGGGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTATGTTGTGACTTCCGTTCATTCATCAAAAAGGAAAAAAAAAATGGGTTTATTTGATTTTATCGGTGACATCGGTAAAAAAAATCTTCAGCAAAGAAGAAGAGGCCTCCACTGCCGTCAcc < 1:862208/250‑1 (MQ=255) ctctACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGAc > 1:189484/1‑101 (MQ=255) ctctACGCCCTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTATGTTGTGACTTCCGTTCATTCATCAATaa 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cccTTGCCAACGCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTATGTTGTGACTTCCGTTCATTCATCAATAAGGAGAGAAAAAATGGGTTTATTTGATTTTATCGGTGACATCGGT‑AAAAAAATCTTCAGCAAAGAAGAAGAGGCCTCCACTGCCGTCACCAAACACATTAACGAAGACa > 1:330738/1‑251 (MQ=255) | CCTCAGTATCGCCCAGCACCACTTTGGAAAGCCCCGCCAGCTCTTGTTCCTGCTGCGATTGCAAAGGCGTGGTTTGGGTTGCGCCCACATCAACCCCGCCGACTAATCCCGATAAATCCACGCCATAATAAGCGCCCACTAAGATAATAATTAACCCGAGAATACCGGTGGGTCTGCCACCGCCAAAACCACCACCTGACGAACGTCTGTCTTCCACGTTTGAGCTTTCTCTACGCCCTTGCCAACCCATAACCCTTCCTATTGATTAAGTGAAATTTTCGTCATTCTAATCCATAACCCTTTTCCCGCCTACTATTTTATTTCTAGACTTATATGATTGAATTGGTTATGTTGTGACTTCCGTTCATTCATCAATAAGGAGAGAAAAAATGGGTTTATTTGATTTTATCGGTGACATCGGT‑AAAAAAATCTTCAGCAAAGAAGAAGAGGCCTCCACTGCCGTCACCAAACACATTAACGAAGACA > 1/33756‑34241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |