| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 410,245 | T→C | intergenic (‑65322/+1631) | unknown ← / ← unknown | tRNA‑Ser‑GCT/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 410,245 | 0 | T | C | 99.3% | 364.9 / NA | 135 | intergenic (‑65322/+1631) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑GCT/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (64/70); minor base G (1/0); total (65/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GTGGAAGGTTTTGTAGGCGGTGTGGTGAGCGCCAGCGTACTAGGCGGTTTACTTTATTGGCTGACGCCGTTTAGCCCGGTGCAAGCGGTGTTAATGAGCTTATTGATTTGCCTGATGGGCTTTTTAGGCGGCTTGGTGATGTCCGCCATGAAACGCAGCATGGGCGTAAAAGACTGGGGCAATATGATTAGCGGGCACGGCGGTATGTTGGATCGCATGGATTCCTTGTGCTTTGCCGCGTCGATTTTCTTCCATGTCGTCAGATATTATTGGACCTAGGGCGATGACTTGCGATAGTGCGTTGCAATGTGTTATCACAAACATCACCGTGAATTCATGACTAACAGATTTAAAAAACGAGGGAAAAAATGACCGCACTTTTAAAGATTGGTTTAGTGTCCGTCTCCGATCGGGCGTCACAAGGGATTTATCCGGATCAAGGCATTCCCGAATTGCGCAATTGGCTACAACAGGCGTT > 1/410005‑410482 | gTGGAAGGTTTTGTAGGCGGTGTGGTGAGCGCCAGCGTACTAGGCGGTTTACTTTATTGGCTGGCGCCGTTTAGCCCGGTGCAAGCGGTGTTAATGAGCTTATTGATTTGCCTGATGGGCTTTTTAGGCGGCTTGGTGATGTCCGCCATGAAACGCAGCATGGGCGTAAAAGACTGGGGCAATATGATTAGCGGGCACGGCGGTATGTTGGATCGCATGGATTCCTTGTGCTTTGCCGCGCCGGTTttctt > 1:311886/1‑251 (MQ=255) 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1/410005‑410482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |