| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,101,421 | G→A | intergenic (‑45538/–) | unknown ← / – | tRNA‑Met‑CAT/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,101,421 | 0 | G | A | 99.0% | 278.3 / NA | 104 | intergenic (‑45538/–) | unknown/– | tRNA‑Met‑CAT/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (51/52); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCCTACATAATCATCCTGCAAGTTCCGTACTACCGGGCTTTAAAAAAGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAGCGAGAATATGATTTGGATTTAATCACCACCGCGCCGACCGTAGTCTATGAAGTCGAACTTACCAATGGCGAGGTAGTCTATGTAGATAGCCCGTCAAAACTGCCGCCGTTAAACAATATCGCGGAGATTCGCGAGCCGATTGCGGAATGTAATATGCTGTTACCGCAAACCTATTTAGGCAATGTGATTACCCTGTGCGTGGAAAAACGCGGGGTACAGACCCACATGGTGTATCACGGCAA > 1/2101177‑2101663 | cccTACATAATCATCCTGCAAGTTCCGTACTACCGGGCTTTAAAAAAGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGaa < 1:654210/251‑1 (MQ=255) cTACATAATCATCCTGCAAGTTCCGTACTACCGGGCTTTAAAAAAGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAata > 1:278662/1‑251 (MQ=255) aCATAATCATCCTGCAAGTTCCGTACTACCGGGCTTTAAAAAAGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATg > 1:659952/1‑251 (MQ=255) tAATCATCCTGCAAGTTCCGTACTACCGGGCTTTAAAAAAGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGAtt > 1:597150/1‑251 (MQ=255) atcCTGCAAGTTCCGTACTACCGGGCTTTAAAAAAGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGAt > 1:604696/1‑251 (MQ=255) tcCTGCAAGTTCCGTACTACCGGGCTTTAAAAAAGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGAtt > 1:280720/1‑251 (MQ=255) cTGCAAGTTCCGTACTACCGGGCTTTAAAAAAGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGATTTa > 1:729180/1‑251 (MQ=255) 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aaaGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGATTTAATCACCACCGCGCCGACCGTAGTCTATGa < 1:768698/251‑1 (MQ=255) aaaGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGATTTAATCACCACCGCGCCGACCGTAGTCTATGa < 1:195599/251‑1 (MQ=255) aaGTGAAGCCACAGGTTTACGCGGGGCTTTTCCCAATCAGTTCCGATGATTACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTGAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGATTTAATCACCACCGCGCCGACCGTAGTCTATGaa < 1:434452/251‑1 (MQ=255) 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1:221890/1‑250 (MQ=255) ttACGAAGCCTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGATTTAATCACCACCGCGCCGACCGTAGTCTATGAAGTCGAACTTACCAATGGCGAGGTAGTCTATGTAGATAGCCCGTCAAAAc < 1:831030/251‑1 (MQ=255) cTTCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGATTTAATCACCACCGCGCCGACCGTAGTCTATGAAGTCGAACTTACCAATGGCGAGGTAGTCTATGt > 1:54673/1‑225 (MQ=255) tCCGTGACGCGTTAGGTAAGTTAAGCCTTAACGATGCTTCTCTGTTCTATGAACCGGAAAATTCCACCGCACTTGGTTTCGGTTTCCGTTGTGGTTTCCTTGGGCTGTTGCACATGGAAATCATTCAGGAGCGCCTGGAACGAGAATATGATTTGGATTTAATCACCACCGCGCCGACCGTAGTCTATGAAGTCGAACTTACCAATGGCGAGGTAGTCTATGTAGAt > 1:180805/1‑227 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |