| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 383,554 | A→G | intergenic (‑38631/+28322) | unknown ← / ← unknown | tRNA‑Ser‑GCT/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 383,554 | 0 | A | G | 99.1% | 322.0 / NA | 116 | intergenic (‑38631/+28322) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑GCT/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (56/59); total (56/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GGATGAAAACGCCGTGCTGGCGGATGTGCGCGATCAGGTGCGCTTCAATTATTCCCACGCACAGGGCGCGGTGAATTTAACGGAACTTACCTGGACGGATTTTGAAGCCGAATATGATTACGATCAGCCGATTTTGGTCAGTTGTTATCATGGTGTGAGCAGCCGCAGTGTCGCCATGTTTCTATTACAACGCGGCTATGAAAAAGTGTATAGCGTGCGGGGCGGATTCACCGGTTGGGTGAAAGCCAATTTACCGCTGGAAACCGCCTATTAGTCGGCGCTTTTTTAGTTAAATCCGACGACGGCAACATAGCTTAAAACGCCGTAAAAAATGACCGCACTTATGGCTAAACCGCGACGCGCCAACGCGGCTTTGCGCTCATGCAGTTTATAAAAAATCCGTGCGATGATGCCCAAAGCGAAAGGATAACCCCACAGAAAAATCGACATGGCGTGGATTTGAGTGTCGCTTAGGTTCGGGTTCTTC > 1/383313‑383799 | ggATGAAAACGCCGTGCTGGCGGATGTGCGCGATCAGGTGCGCTTCAATTATTCCCACGCACAGGGCGCGGTGAATTTAACGGAACTTACCTGGCCGGATTTTGAAGCCGAATATGATTACGATCAGCCGATTTTGGTCAGTTGTTATCATGGTGTGAGCAGCCGCAGTGTCGCCATGTTTCTATTACAACGCGGCTATGAAAAAGTGTATAGCGTGCGGGGCGGATTCACCGGTTGGGTGGAAGCCAAtt > 1:856238/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |