| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,062,983 | G→A | intergenic (‑7100/–) | unknown ← / – | tRNA‑Met‑CAT/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,062,983 | 0 | G | A | 98.2% | 141.2 / ‑4.6 | 54 | intergenic (‑7100/–) | unknown/– | tRNA‑Met‑CAT/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (28/25); total (29/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
AAAATTTCTGTTAGTTAATAGTGACAAAATAGGGGCGTAAATATGCCGATTTCTTATACTTTTGTCAACGGGAATTTTGTGTTGATTTCGGTGAGACACAACCGAAAGAAAGCATCGTTATATTTAACAAGCACTTTCAAACCGGCTCACGAAACGATGTGCGCGAGATTTTAACAGTTTTTTCCCTTAGAATATAGCGTAAAAACGAAATTTCTATACAATTAGGCAAATTTTATCGTTCAGAGTGATCCGTTTTGAGTAAAAGATTATTAAAATCCGGCATCGTCGTCAGCGCCATGACCTTAATTTCGCGTGTATTAGGCTTGGTGCGTGATGTGGTGATTGCCAATTTAATCGGCGCAGGCGCTGCCGCCGACGTATTTTTATTTGCCAATCGCATTCCGAATTTCCTCCGCCGCTTGTTTGCCGAAGGGGCGTTTTCACAAGCCTTCGTGCCTGTGTTGGCGGAATATCAGAAATCCGGCGATTTAT > 1/2062737‑2063228 | aaaaTTTCTGTTAGTTAATAGTGACAAAATAGGGGCGTAAATATGCCGATTTCTTATACTTTTGTCAACGGGAATTTTGTGTTGATTTCGGTGAGACACAACCGAAAGAAAGCATCGTTATATTTAACAAGCACTTTCAAACCGGCTCACGAAACGATGTGCGCGAGATTTTAACAGTTTTTTCCCTTAGAATATAGCGTAAAAACGAAATTTCTATACAATTAGGCAAATTTTATCGTTCAGAGTAATcc < 1:484183/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |