| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,873,159 | T→C | intergenic (+78232/‑61172) | unknown → / → unknown | tRNA‑Leu‑CAA/tRNA‑Asp‑GTC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,873,159 | 0 | T | C | 99.3% | 397.6 / NA | 142 | intergenic (+78232/‑61172) | unknown/unknown | tRNA‑Leu‑CAA/tRNA‑Asp‑GTC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (73/68); minor base G (0/1); total (73/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CCATCGTGTTATTCGGTGTGATGTTCGCCGCTTGGGGTAAATCTGCGCAACTGCCGATGCAAATTTGGTTGCCGAACGCCATGGAAGCACCGACACCGGTGAGTGCCTATTTGCACGCAGCGTCTATGGTGAAAGTGGGTGTGTATATTTTCGCCCGTGCAGTCATGTCTGCCGGTGAAATTCCGTCTATTGTGGGCGAAGTGGGCATCATCATGGCGATGATTACCTTAATTTACGGCTTCCTGATGTACTTGCCGCAAACGGATTTAAAACGCTTGCTGGCGTATTCCACCATCACCCAGTTGTCTTACATTTTTATCGGTATTTCTCTTGCCGCGCTAGGTTCTAAATTAGCCTTCGTCGCCGCCATTGCCTATATCTTCAACCATGCCTTTGCAAAAAGCTTGTTCTTCTTGGTTGCCGGTTCCTTAAGTTATGCCACCGGAACCCGTTCAATGCCGTTATTACAAGGGATCATGCGTACCATGC > 1/1872916‑1873404 | ccATCGTGTTATTCGGTGTGATGTTCGCCACTTGGGGTAAATCTGCGCAACTGCCGATGCAAATTTGGTTGCCGAACGCCATGGAAGCACCGACACCGGTGAGTGCCTATTTGCACGCAGCGTCTATGGTGAAAGTGGGTGTGTATATTTTCGCCCGTGCAGTCATGTCTGCCGGTGAAATTCCGTCTATTGTGGGCGAAGTGGGCATCATCATGGCGATGATTACCTTAATTTACGGCTTCCCGATGTa > 1:316903/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |