| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,758,239 | C→T | intergenic (+38281/‑36603) | unknown → / → unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Leu‑CAA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,758,239 | 0 | C | T | 96.4% | 139.1 / NA | 57 | intergenic (+38281/‑36603) | unknown/unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Leu‑CAA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (25/29); minor base G (2/0); total (28/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTAAGTTTTTAACGGTACCTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAACAACGTTGTTACGTTTTTGATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGCTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTACCGTTAACCAAACCAAGAACAGTCGCTTGTTCGTCGTATGCTTTTTCCAATACAATCCAAGCTTCGTTGCGTTTTGCATCAGCACGGGAAGCTACAGTTTCACCGAAACCGTCATCCACCGCTTTAAGCACGACATCAACAACATCACCCACTTGAACTTCCAATTCACCTTGTGCATT > 1/1758005‑1758450 | gTTAAGTTTTTAACGGTACCTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAACAACGTTGTTACGTTTTTGATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGa < 1:237852/250‑1 (MQ=255) gTTTTTAACGGTACCTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAACAACGTTGTTACGTTTTTGATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCa > 1:32594/1‑250 (MQ=255) aCGGTACCTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAACAACGTTGTTACGTTTTTGATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAAc < 1:753690/251‑1 (MQ=255) gTACCTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAATTTCGCCAAT‑CTTGCTTCGCGATCGTGGCTGCTTTCGTATGCTATAACGGCACTTCGGGAAACAATCACGCTGTTACGTTTGTGATCAAGTTTGATTACGTTGAATTCTAATTTGTTCCCAAGTAAGTTTTCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAATACCGTTTAACTCAACGGTGAAGCCACCTTTAACt < 1:867524/249‑1 (MQ=255) aCCTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAACAACGTTGTTACGTTTTTGATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTa > 1:469674/1‑250 (MQ=255) ccTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAACAACGTTGTTACGTTTTTTATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGGTTAACTCAACTGTGAAg > 1:809134/1‑234 (MQ=255) ccTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAACAACGTTGTTACGTTTTTGATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAAc > 1:25057/1‑245 (MQ=255) ccTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAAAAACGTTGTTACGGTTTTGATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTAc > 1:542603/1‑250 (MQ=255) 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ccAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTACCGTTAACCAAACCAAGAACAGTCGCTTGTTCGTCGTATGCTTTTTCCAATACAATCCAAGCTTCGTTGCGTTTTGCATCAGCACGGGAAGCTACAGTTTCACCGAAACCGTCATCCACCACTTTAAGCACGACATCAACAACAt < 1:210566/250‑1 (MQ=255) aagtaagtGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTACCGTTAACCAAACCAAGAACAGTCGCTTGTTCGTCGTATGCTTTTTCCAATACAATCCAAGCTTCGTTGCGTTTTGCATCAGCACGGGAAGCTACAGTTTCACCGAAACCGTCATCCACCACTTTAAGCACGACATCAACAACATCa > 1:864596/1‑250 (MQ=255) gtaagtGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTACCGTTAACCAAACCAAGAACAGTCGCTTGTTCGTCGTATGCTTTTTCCAATAc < 1:60504/154‑1 (MQ=255) gtaagtGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTACCGTTAACCAAACCAAGAACAGTCGCTTGTTCGTCGTATGCTTTTTCCAATACAATCCAAGCTTCGTTGCGTTTTGCATCAGCACGGGAAGCTACAGTTTCACCGAAACCGTCATCCACCACTTTAAGCACGACATCAACAACATCAcc > 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1:814076/1‑251 (MQ=255) gTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTACCGTTAACCAAACCAAGAACAGTCGCTTGATCGTCGTATGCTTTTTCCAATACAATCCAAGCTTCGTTGCGTTTTGCATCAGCACGGGAAGCTACAGTTTCACCGAAACCGTCATCCACCACTTTAAGCACGACATCAACAACATCACCCACTTGAACTTCCAATTCACCTTGTGCAtt > 1:347937/1‑251 (MQ=255) aaCACCGTTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTACCGTTAACCAAACCAAGAACAGTCGCTTGTTCGTCGTATGCTTTTTCCAATACAATCCAAGCTTCGTTGCGTTTTGCATCAGCACGGGAAGCTACAGTTTCACCGAAACCGTCATCCACCACTTTAAGCACGACAt > 1:519744/1‑176 (MQ=255) | GTTAAGTTTTTAACGGTACCTTTAACTTCTGCACCTTCAGACAAGTTCGCCAATACTT‑CTTCGCGATCTTGGCTGCTTTCGGATTCGATAACGGCACGGCGGGAAACAACAACGTTGTTACGTTTTTGATCAAGTTTGATTACTTTGAATTCTAATTCTTTGCCAAGTAAGTGATCTGCATCACGAACAGGACGGGTATCAACCAATGAACCCGGTAAGAATGCGCGAACACCGCTTAACTCAACTGTGAAGCCACCTTTAACTTTACCGTTAACCAAACCAAGAACAGTCGCTTGTTCGTCGTATGCTTTTTCCAATACAATCCAAGCTTCGTTGCGTTTTGCATCAGCACGGGAAGCTACAGTTTCACCGAAACCGTCATCCACCGCTTTAAGCACGACATCAACAACATCACCCACTTGAACTTCCAATTCACCTTGTGCATT > 1/1758005‑1758450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |