| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,622,202 | C→T | intergenic (‑177574/‑19562) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,622,202 | 0 | C | T | 98.8% | 231.3 / NA | 85 | intergenic (‑177574/‑19562) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (31/53); total (32/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CCTTCCGGCACGTCACGCGGATAACCGTCGCCGTAGCCGATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGCGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGATATTCGGGTCAACACAGGGTAACGATTTTAATTTTTGATAAAAGGCATCCACTTCGTCTAAATGTACCCCTAAACGGTGCATACC > 1/1621963‑1622435 | ccTTCCGGCACGTCACGCGGATAACCGTCGCCGTAGCCGATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGGTCCAATCCAAATGTGCGTTCTGcc > 1:783799/1‑250 (MQ=255) ccGGCACGTCACGCGGATAACCGTCGCCGTAGCCGATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAAt < 1:573424/251‑1 (MQ=255) gATAACCGTCGCCGTAGCCGATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGt < 1:806053/225‑1 (MQ=255) aCCGTCGCCGTAGCCGATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGGCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCgg > 1:890705/1‑251 (MQ=255) ccGATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGTAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGc < 1:487312/249‑1 (MQ=255) ccGATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGc < 1:656324/249‑1 (MQ=255) gATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAAt > 1:131749/1‑217 (MQ=255) gATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGc < 1:2330/247‑1 (MQ=255) gATTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCa > 1:492611/1‑250 (MQ=255) aTTGCCACCACGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCCCAc > 1:569726/1‑250 (MQ=255) ccGCCGATTTTGGTATCTTTGTCACTCATCCAACCGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTAcc < 1:420957/250‑1 (MQ=255) ttGTCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGc < 1:42903/219‑1 (MQ=255) tCACTCATCCAAACGCCGCCGTAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAAcg < 1:127685/251‑1 (MQ=255) 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1:230893/201‑1 (MQ=255) tAGCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTACTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGtat < 1:451737/250‑1 (MQ=255) gCCCACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCt < 1:247805/208‑1 (MQ=255) ccACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCg < 1:619427/251‑1 (MQ=255) ccACCGGCTCGCCTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCg < 1:353609/251‑1 (MQ=255) ccTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTAc < 1:360264/193‑1 (MQ=255) ccTTTTTTATGTTCGCGTACGGCAATTAGGGAAGACGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTc < 1:756163/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATCCCAGGGCGGATCCAAGCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCTCCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGa < 1:438314/249‑1 (MQ=255) aCGTAAGATTCATCACCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGata > 1:311341/1‑251 (MQ=255) caCCGGAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGATATTCGGGTCAacag < 1:742279/251‑2 (MQ=255) 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gAATTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCCGTGAAATGCCGGACATAATAATACCACGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAAAATAAAATACCGCCGGATGCGGGAATACTACGCTCACCCCCTTTACCCTCCGTCCCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGGATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACCCAAACGACTAACAAAACCGATATTCGGGTCAACACAGGGt > 1:854825/1‑251 (MQ=255) aTTAAACCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGATATTCGGGTCAACACAGGGTaa > 1:540527/1‑251 (MQ=255) aaaCCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGATATTCGGGTCAACACAGGGTAACGa > 1:67799/1‑251 (MQ=255) aaaCCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGATATTCGGGTCAACACAGGGTAACGa < 1:487910/251‑1 (MQ=255) aaaCCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGATATTCGGGTCAACACAGGGTAACGa < 1:160962/251‑1 (MQ=255) aaaCCGTATTCTTTGCCGGCGGTATTATTCGGTGAAATGCCGTACATAATAATACCAGGGCGGATCCAATCCAAATGTGCGTCCTGCCAGAATAAAATACCGCCGGATGCGGAAATACTACGCTCACCGCCTTTACCTTCCGTCGCCTGTAAAAAACGCGCCAATTGTTTTTCGGTATAACCGCATGCCAATTCATCGGCGCGACTAAAATGACTAACAAAACCGATATTCGGGTCAACACAGGGTAACGa < 1:406067/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |