| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,602,123 | A→G | intergenic (‑157495/‑39641) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,602,123 | 0 | A | G | 99.0% | 282.6 / NA | 101 | intergenic (‑157495/‑39641) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (47/53); total (48/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GGCTTTTATGTGGTACACGCCGACGGTTCTGTCACACCACCGCCGTTCCCGGTGTTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCAATCGCCTCGGTCAATATATCCCGTTCCTCGGCTTAAACACCCACGGCGGCGTGATTTTCGCTTACTTGGGCGGTATCGCCTTGCACGTTTGGACCATCAAAGGCTATTTTGAAACCATCGACGGATCCCTGGAAGAAGCTGCCGCCTTAGACGGCGCTACCCCATGGCAGGCATTCCGCTTAATTTTACTACCTCTCTCCGTACCGATTCTGGCGGTGGTCTTCATTCTTTCCTTCATCGCCG > 1/1601880‑1602366 | ggCTTTTATGTGGTACACGCCGACGGTTCTGTCACACCACCGCCGTTCCCGGTGTTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGc > 1:266443/1‑249 (MQ=255) aTGTGGTACACGCCGACGGTTCTGTCACACCACCGCCGTTCCCGGTGTTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGCCTCGGTCaa > 1:176479/1‑251 (MQ=255) aTGTGGTACACGCCGACGGTTCTGTCACACCACCGCCGTTCCCGGTGTTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTACAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCAATCGCCTCGGTCaa > 1:426035/1‑251 (MQ=255) tgGTACACGCCGAGGGTTCTGTCACACCACCGCCGTTCCCGGTGTTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGCCTCGGTCAatat < 1:460655/251‑1 (MQ=255) tgGTACACGCCGACGGTTCTGTCACCCCACCGCCGTTCCCGGTGTTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGCCTCGGTCAatat < 1:54248/251‑1 (MQ=255) tgGTACACGCCGACGGTTCTGTCACCCCACCGCCGTTCCCGGTGTTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCACCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGCCTCGGTCAatat < 1:449897/251‑1 (MQ=255) tgGTACACGCCGACGGTTCTGTCACACCACCGCCGTTCCCGGTGTTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGCCTCGGTCAatat < 1:14658/251‑1 (MQ=255) 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gtgtTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGCCTCGGTCAATATATCCCGTTCCTCGGCTTAAACACCCACGGCGGCGTGAtttt > 1:31973/1‑251 (MQ=255) gtgtTGTTGTGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGCCTCGGTCAATATATCCCGTTCCTCGGCTTAAACACCCACGGCGGCGTGAtttt > 1:175708/1‑251 (MQ=255) gttgttgtGGTTGTGGAACTCCATTAAAGTGGCGACCATCACCTCCGTGGGTATCGTTGTTATGTCCACCACTTGCGCCTACGCTTTCGCGCGGATGAAATTCAAAGGCAAAAAAACCATCTTGCAAGGCATGTTAATTTTCCAAATGTTCCCTGCGGTGTTGTCTTTGGTCGCCTTATACGCCTTATTCGATCGCCTCGGTCAATATATc < 1:563048/211‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |