| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,589,950 | G→A | intergenic (‑145322/‑51814) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,589,950 | 0 | G | A | 98.9% | 239.5 / ‑5.1 | 90 | intergenic (‑145322/‑51814) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (48/41); total (48/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
AAATTAAGCCGTTTTTGATGTCTGCTTCGTCATCGCCCACAATGCGGTAACTCACTTCTTCGTCCGTATTGGTGTTAAGCAACACTACAGTGGCACCGAAGATTACTTTGCCGTTATTCGGGATTTTAGTGACGTCGATCACTTGGCTATTGGCTAATTTGCCTTCGATTTCCTGAATGCGTCCTTCGCAGAAACCTTGTTGCTCACGGGCGGCGTGATATTCCGCATTTTCTTTTAAATCGCCATGTTCACGGGCTTCCGCAATGGCTTTGATGATTTCCGGGCGACGTTCTTTTTTAAGATAATCCAGTTCTTCACGCAGTAATTGTGCGCCGCGAACAGTCATTGGAATTTGTTGCATTCTTCTTTTCCCTAAATTTGAATAAAAG‑AAAAACCGTGGAATCCTCCGGATTCCACAGCGTAAATTAATCGGTTATGGCGGGAGAAAAGCATTTACTCCCGCGTATTCGCGTACTATTATTGTTCGT > 1/1589704‑1590191 | aaaTTAAGCCGTTTTTGATGTCTGCTTCGTCATCGCCCACAATGCGGTAACTCACTTCTTCGTCCGTATTGGTGTTAAGCAACACTACAGTGGCACCGAAGATTACTTTGCCGTTATTCGGGATTTTAGTGGCGTCGATCACTTGGCTATTGGCTAATTTGCCTTCGATTTCCTGAATGCGTCCTTCGCAGAAACCTTGTTGCTCACGGGCGGCGTGATATTCCGCATTTTCTTTTAAATCGCCATATTc < 1:251259/250‑1 (MQ=255) 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1:865234/1‑165 (MQ=255) tCGCAGAAACCTTGTTGCTCACGGGCGGCGTGATATTCCGCATTTTCTTTTAAATCGCCATATTCACGGGCTTCCGCAATGGCTTTGATGATTTCCGGGCGACGTTCTTTTTTAAGATAATCCAGTTCTTCACGCAGTAATTGTGCGCCGCGAACAGTCATTGGAATTTGTTGCATTCTTCTTTTCCCTAAATTTGAATAAAAG‑AAAAACCGTGGAATCCTCCGGATTCCACAGCGTAAATTAATCGGTTa < 1:218949/251‑1 (MQ=255) gCAGAAACCTTGTTGCTCACGGGCGGCGTGATATTCCGCATTTTCTTTTAAATCGCCATATTCACGGGCTTCCGCAATGGCTTTGATGATTTCCGGGCGACGTTCTTTTTTAAGATAATCCAGTTCTTCACGCAGTAATTGTGCGCCGCGAACAGTCATTGGAATTTGTTGCATTCTTCTTTTCCCTAAATTTGAATAAAAG‑AAAAACCGTGGAATCCTCCGGATTCCACAGCGTAAATTAATCgg < 1:224346/246‑1 (MQ=255) gAAACCTTGTTGCTCACGGGCGGCGTGATATTCCGCATTTTCTTTTAAATCGCCATATTCACGGGCTTCCGCAATGGCTTTGATGATTTCCGGGCGACGTTCTTTTTTAAGATAATCCAGTTCTTCACGCAGTAATtgtg < 1:197918/140‑1 (MQ=255) tgCTCACGGGCGGCGTGATATTCCGCATTTTCTTTTAAATCGCCATATTCACGGGCTTCCGCAATGGCTTTGATGATTTCCGGGCGACGTTCTTTTTTAAGATAATCCAGTTCTTCACGCAGTAATTGTGCGCCGCGAACAGTCATTGGAATTTGTTGCATTCTTCTTTTCCCTAAATTTGAATAAAAG‑AAAAACCGTGGAATCCTCCGGATTCCACAGCGTAAATTAATCGGTTATGGCGGGAGAAAAGc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |