| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,493,653 | G→A | intergenic (‑49025/‑148111) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,493,653 | 0 | G | A | 98.8% | 207.1 / NA | 83 | intergenic (‑49025/‑148111) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (48/32); total (48/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTTAATCTGGACGCGGAAGTGCTGGAACATCAAGAAAAGCGTTTAGTGGTGCATCATATGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTGCTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGTAGTGCAAATGCGGGCCGGTAGAACCGCCGGTGTTGCCGGACAACGCGATACGCTCCCCTTTTTTCACTGTTTGCCCTACTTTTACTAGCGGTCTGCTGAGGTGCATATACACGGTTTGGTATTCACGGGAGTGGCGTAGCACCACATAACGACCGGCACCGTAAGCCTGATAGGCGA > 1/1493409‑1493891 | tatTTAATCTGGACGCGGAAGTGCTGGAACATCAAGAAAAGCGTTTAGTGGTGCATCATATGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTcc > 1:558014/1‑250 (MQ=255) cTGGACGCGGAAGTGCTGGAACATCAAGAAAAGCGTTTAGTGGTGCATCATATGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAg < 1:282084/251‑1 (MQ=255) cAAGAAAAGCGTTTAGTGGTGCATCATATGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCgg > 1:167696/1‑251 (MQ=255) gAAAAGCGTTTAGTGGTGCATCATATGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACg > 1:561541/1‑251 (MQ=255) 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tcatATGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGaa > 1:584733/1‑246 (MQ=255) tatGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGTAGt > 1:780167/1‑251 (MQ=255) atGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGa > 1:362830/1‑198 (MQ=255) atGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACgg > 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tttttAGAGAGGGGTTTGAAACCACCGCAGCAGGCGTTCTACTTCGTTGGCTTAAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTGCTTCCCCCCGGAGGTTTAACGGTAAGCGGTTTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGTAGTGCAAATGCGGGCCGGTAGAACCGCCGGTGTTGCCGGACAACGCGATACGCTCCCCTTTTTTCACTGTTTGCCCTACTTTTACTAGCGGTctgc < 1:680256/251‑1 (MQ=255) aaaCGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACTTTCCGCCGTGCCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAGGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGTAGTGCAAATGCGGGCCGGTAGAACCGCCGGTGTTGCCGGACAACGCGATACGCTCCCCTTTTTTCACTGTTTGCCCTACTTTTACTAGCGGTCTGCTGAgg < 1:378717/249‑1 (MQ=255) ggTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAAtt > 1:204459/1‑140 (MQ=255) ggTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGt > 1:42206/1‑143 (MQ=255) 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1:344507/1‑210 (MQ=255) tAACAAGGAATTGTTTACTTTCCGCCGTCCCTATGCCGCTCCTCCCCCCCGGAGGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGTAGTGCAAATGCGGGCCGGTAGAACCGCCGGTGTTGCCGGACAACGCGATACGCTCCCCTTTTTTCACTGTTTGCCCTACTTTTACTAGCGGTctgc < 1:856928/198‑1 (MQ=255) aaCAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTCCCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGTAGTGCAAATGCGGGCCGGTAGAACCGCCGGTGTTGCCGGACAACGCGATACGCTCCCCTTTTTTCACTGTTTGCCCTACTTTTACTAGCGGTCTGCTGAGGTGCATATACACGGTTTGGTATTCACGGGAGTGGCGTAGCACCACATAAc < 1:690992/251‑1 (MQ=255) aaCAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTACTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGTAGTGCAAATGCGGGCCGGTAGAACCGCCGGTGTTGCCGGACAACGCGATACGCTCCCCTTTTTTCACTGTTTGCCCTACTTTTACTAGCGGTCTGCTGAGGTGCATATACACGGTTTGGTATTCACGGGAGTGGCGTAGCACCACATAAc < 1:318095/251‑1 (MQ=255) 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TATTTAATCTGGACGCGGAAGTGCTGGAACATCAAGAAAAGCGTTTAGTGGTGCATCATATGTAGTATTTGCTACTTTCTTTATTTATTACAAAGAAAAGTGCGGTGGTTTTCTCAGGTGTTTTTAAAAACACTTAAAAAATCCACCGCACTTTTTAGAAACGGGTTTGAAATCAGCGCAACAAGCGTTCTACTTCGTTGGCTTTAACAAGGAATTGTTTACGTTCCGCCGTACCTATGCCGCTGCTTCCCCCCGGAAGTTTAACGGTAAGCGGATTGACCGGACGCCCGTTAATATGGAATTCGTAGTGCAAATGCGGGCCGGTAGAACCGCCGGTGTTGCCGGACAACGCGATACGCTCCCCTTTTTTCACTGTTTGCCCTACTTTTACTAGCGGTCTGCTGAGGTGCATATACACGGTTTGGTATTCACGGGAGTGGCGTAGCACCACATAACGACCGGCACCGTAAGCCTGATAGGCGA > 1/1493409‑1493891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |