| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,491,664 | G→A | intergenic (‑47036/‑150100) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,491,664 | 0 | G | A | 92.3% | 194.7 / ‑4.9 | 78 | intergenic (‑47036/‑150100) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/0); new base A (19/53); total (25/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGGCTTGGGGCGCAATATCAGCACCGCGTTAGGCATTAATTATCGTCAAATGACGTGGTTTGCCTTAATCGTGGTGGCGATGATTACGGCGGTTGTGGTGGTAA‑CCGTCGGG‑CAAATTCCTTTTATCGGGCTGGTTGTA‑CCGAAC‑ATTA‑TTTCCCG‑CCTTTCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGGCGGGTTATCAATGCGCCTTATGAAGTGCCGATTTCAACGGTGTTCGGCATTGTCGGCACCTTGATTTTCCTCTATTTATTATTTAAGGGGAACGCCCATGGGAAATAATCGCAGAATGCCCTTCCTTTGCCTGTTGCTCACGTTCGCCTGTGTATTTTTCATGAGTTACAACGCCAACGGCAACTGGGATTTCGTGTTACCGTTCCGTGGAAAAAAACTTTTATTATTGCTTATCATGGCTTACAC > 1/1491423‑1491910 | ccGGCTTGGGGCGCAATATCAGCACCGCGTTAGGCATTAATTATCGTCAAATGACGTGGTTTGCCTTAATCGTGGTGGCGATGATTACGGCGGTTGTGGTGGTAA‑CCGTCGGG‑CAAATTCCTTTTATCGGGCTGGTTGTA‑CCGAAC‑ATTA‑TTTCCCG‑CCTTTCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGACGGGTTATc < 1:118834/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTGTA‑CCGAAC‑ATTA‑TTTCCCG‑CCTTTCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGACGGGTTATCAATGCGCCTTATGAAGTGCCGATTTCAACGGTGTTCGGCATTGTCGGCACCTTGATTTTCCTCTATTTATTATTTAAGGGGAACGCCCATGGGAAATAATCGCAGAATGCCCTTCCTTTGcc < 1:169367/239‑1 (MQ=255) ttGTA‑CCGAAC‑ATTA‑TTTCCCG‑CCTTTCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGACGGGTTATCAATGCGCCTTATGAAGTGCCGATTTCAACGGTGTTCGGCATTGTCGGCACCTTGATTTTCCTCTATTTATTATTTAAGGGGAACGCCCATGGGAAATAATCGCAGAATGCCCTTCCTTTGCCTGTTGCTCACGtt < 1:755784/251‑1 (MQ=255) gTA‑CCGAAC‑ATTA‑TTTCCCG‑CCTTTCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGACGGGTTATCAATGCGCCTTATGAAGTGCCGATTTCAACGGTGTTCGGCATTGTCGGCACCTTGATTTTCCTCTATTTAATATTTAAGGGGAACGCCCATGGGAAATAATCGCAGAATGCCCTTCCTTTGCCTGTTGCTCACGTTCg > 1:814063/1‑251 (MQ=255) aC‑ATTA‑TTTCCCG‑CCTTTCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGACGGGTTATCAATGCGCCTTATGAAGTGCCGATTTCAACGGTGTTCGGCATTGTCGGCACCTTGATTTTCCTCTATTTATTATTTAAGGGGAACGCCCa < 1:716349/196‑1 (MQ=255) tta‑ttTCCCG‑CCTTTCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGACGGGTTATCAATGCGCCTTATGAAGTGCCGATTTCAACGGTGTTCGGCa > 1:641733/1‑144 (MQ=255) ttttCCCG‑CCTTTCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGACGGGTTATCAATGCGCCTTATGAAGTGCCGATTTCAACGGTGTTCGGCATTGTCGGCACCTTGATTTTCCTCTATTTATTATTTAAGGGGAACGCCCATGGGAAATAATCGCAGAATGCCCTTCCTTTGCCTGTTGCTCACGTTCGCCTGTGTAtttt < 1:433563/250‑1 (MQ=255) tttCCGGCGATCGCCTGC‑GAC‑AAAATTTGCCTTCCGTGGTGTTGCTCGGCG‑CAAATTTGGTGTTAATGTGCGACATTGCGGGACGGGTTATCAATGCGCCTTATGAAGTGCCGATTTCAACGGTGTTCGGCATTGTCGGCACCTTGATTTTCCTCTATTTATTATTTAAGGGGAACGCCCATGGGAAATAATCGCAGAATGCCCTTCCTTTGCCTGTTGCTCACGTTCGCCTGTGTATTTTTCATGAGTTa > 1:399229/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |