| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,485,540 | A→C | intergenic (‑40912/‑156224) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,485,540 | 0 | A | C | 99.1% | 316.4 / ‑5.7 | 112 | intergenic (‑40912/‑156224) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (58/53); minor base T (0/1); total (58/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACGGCATAGGCGACGATTTTAACGATTGCCCAGGCAATTGATGCAAACATAATCAAATCCCTCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTCGGCATATGTGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGTGCCCGTCCGTCACAACCGGGATAGACTTTAATGACCGTGCCGATTGAAAGCTTTTGCGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTTTGATGCACGGTGACCGCGCGCACCTCGCGCACGCCGTCATCCTGCCACTCGATAAAACCCGCATTAAACCAGCCTTGCGGCAGGTTTGCCGGCAGATTTACGGTGATGGACGCCCCGTCCATCGCGCTGATTGTAAGCCCCGCCACCACAAAGTTGCCGGGCTTGACTTTGCAATCGGTATCGTAAAGCGTATATG > 1/1485294‑1485776 | tGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGAATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACTTTAATTACGGTGCCGATTGCAAGCt < 1:226459/251‑1 (MQ=255) 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TGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACGGCATAGGCGACGATTTTAACGATTGCCCAGGCAATTGATGCAAACATAATCAAATCCCTCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTCGGCATATGTGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGTGCCCGTCCGTCACAACCGGGATAGACTTTAATGACCGTGCCGATTGAAAGCTTTTGCGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTTTGATGCACGGTGACCGCGCGCACCTCGCGCACGCCGTCATCCTGCCACTCGATAAAACCCGCATTAAACCAGCCTTGCGGCAGGTTTGCCGGCAGATTTACGGTGATGGACGCCCCGTCCATCGCGCTGATTGTAAGCCCCGCCACCACAAAGTTGCCGGGCTTGACTTTGCAATCGGTATCGTAAAGCGTATATG > 1/1485294‑1485776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |