| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,485,508 | A→G | intergenic (‑40880/‑156256) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,485,508 | 0 | A | G | 99.0% | 283.1 / NA | 101 | intergenic (‑40880/‑156256) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (53/47); total (54/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGCTGGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACGGCATAGGCGACGATTTTAACGATTGCCCAGGCAATTGATGCAAACATAATCAAATCCCTCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTCGGCATATGTGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGTGCCCGTCCGTCACAACCGGGATAGACTTTAATGACCGTGCCGATTGAAAGCTTTTGCGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTTTGATGCACGGTGACCGCGCGCACCTCGCGCACGCCGTCATCCTGCCACTCGATAAAACCCGCATTAAACCAGCCTTGCGGCAGGTTTGCCGGCAGATTTACGGTGATGGACGCCCCGTCCATCGCGCTGATTGTAAGCCCCGCCACCACAAAGTTGCCGGGCTTGAC > 1/1485270‑1485747 | cgcTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCTCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACtt > 1:83516/1‑251 (MQ=255)cgcTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACt < 1:180265/250‑1 (MQ=255) ctgCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACTTTAAtta < 1:798388/251‑3 (MQ=255) ttACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACTTTAAt > 1:858399/1‑235 (MQ=255) 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> 1:353701/3‑250 (MQ=255) cgtccgtcACAGCCCGGATAGACTTTAATTACGGTGCCGATTGCAAGCTTTTGTGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTTTGATGCACGGTGACTGCCCGCACCTCGCGCACGCCGTCATCCTGCCACTCAATAAAACCTGCATTAAACCAACCTTGCGGCAGGTTTGCCGGCAGATTTACGGTGATGGACGCCCCGTCCATCGCACTAATTGTAAGCCCCGCCACCACAAAATTGCCGGGCttaac < 1:47607/251‑4 (MQ=255) gtccgtcACAGCCCGGATAGACTTTAATTACGGTGCCGATTGCAAGCTTTTGTGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTTTGATGCACGGTGACTGCCCGCAc < 1:697537/106‑1 (MQ=255) gtcACAGCCCGGATAGACTTTAATTACGGTGCCGATTGCAAGCTTTTGTGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTTTGATGCACGGTGACTGCCCGCACCTCGCGCACGCCGTCATCCTGCCACTCAATAAAACCTGCATTAAACCAACCTTGCGGCAGGTTTGCCGGCAGATTTACGGTGATGGACGccc < 1:457492/194‑1 (MQ=255) | CGCTGGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACGGCATAGGCGACGATTTTAACGATTGCCCAGGCAATTGATGCAAACATAATCAAATCCCTCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTCGGCATATGTGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGTGCCCGTCCGTCACAACCGGGATAGACTTTAATGACCGTGCCGATTGAAAGCTTTTGCGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTTTGATGCACGGTGACCGCGCGCACCTCGCGCACGCCGTCATCCTGCCACTCGATAAAACCCGCATTAAACCAGCCTTGCGGCAGGTTTGCCGGCAGATTTACGGTGATGGACGCCCCGTCCATCGCGCTGATTGTAAGCCCCGCCACCACAAAGTTGCCGGGCTTGAC > 1/1485270‑1485747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |