| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,485,339 | C→T | intergenic (‑40711/‑156425) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,485,339 | 0 | C | T | 98.8% | 223.5 / ‑3.8 | 83 | intergenic (‑40711/‑156425) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (39/43); minor base A (0/1); total (39/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GCGCATGTCTTGCATTGTGATAATAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGCTCGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACCTGCCAATCCTCGGTCCAGCAATCGCCGAAAAACACACACTGCGGCGTACCCTCGTCGATTTGCGGAAAATTAAAATCCTTGGCGCTGGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACGGCATAGGCGACGATTTTAACGATTGCCCAGGCAATTGATGCAAACATAATCAAATCCCTCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTCGGCATATGTGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGTGCCCGTCCGTCACAACCGGGATAGACTTTAATGACCGTGCCGATTGAAAGCTTTTGCGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTT > 1/1485100‑1485580 | gcgcATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGcgacga > 1:616295/1‑251 (MQ=255) atcctGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTaa > 1:274846/5‑251 (MQ=255) cctGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACg < 1:441458/249‑1 (MQ=255) ctGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGa < 1:541489/250‑1 (MQ=255) gCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCTGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACTCGACGATTTTAACGAtt > 1:379370/1‑251 (MQ=255) gCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGAtt > 1:394085/1‑251 (MQ=255) ttGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGc > 1:104122/1‑250 (MQ=255) 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cTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATg < 1:874877/250‑1 (MQ=255) aTCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCaa > 1:895858/1‑251 (MQ=255) aaTTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCaag < 1:742963/232‑3 (MQ=255) 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cacttGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGtt < 1:170080/245‑2 (MQ=255) cttGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCa < 1:531412/249‑1 (MQ=255) tGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAaca < 1:180356/216‑1 (MQ=255) 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1:83516/1‑251 (MQ=255) cgcTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACt < 1:180265/250‑1 (MQ=255) tgctgCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTcac > 1:204235/2‑232 (MQ=255) ctgCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACTTTAAtta < 1:798388/251‑3 (MQ=255) cTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTcac > 1:416831/1‑226 (MQ=255) cTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACTTTAAttacggt > 1:897518/1‑245 (MQ=255) gTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAAt > 1:697835/1‑162 (MQ=255) ttACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGATGCAAACATAAT‑AAATCCTCCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTTGGCATGTGCGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGCGCCCGTCCGTCACAGCCCGGATAGACTTTAAt > 1:858399/1‑235 (MQ=255) 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GCGCATGTCTTGCATTGTGATAATAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGCTCGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACCTGCCAATCCTCGGTCCAGCAATCGCCGAAAAACACACACTGCGGCGTACCCTCGTCGATTTGCGGAAAATTAAAATCCTTGGCGCTGGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACGGCATAGGCGACGATTTTAACGATTGCCCAGGCAATTGATGCAAACATAATCAAATCCCTCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTCGGCATATGTGGAATACCGCCGAAATTAAGCATATTGTTAAATTTTTTAAGACAGGTTTGTGCCCGTCCGTCACAACCGGGATAGACTTTAATGACCGTGCCGATTGAAAGCTTTTGCGTGCCACCCATTAATGTCAGCTTGTTATTT > 1/1485100‑1485580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |