| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,485,199 | G→A | intergenic (‑40571/‑156565) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,485,199 | 0 | G | A | 99.0% | 262.9 / NA | 98 | intergenic (‑40571/‑156565) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (61/36); total (61/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCAGCAACACATTTGCGCGCAAATACACTGCCGGTGTTTAAAAGCACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATGTCTTGCATTGTGATAATAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGCTCGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACCTGCCAATCCTCGGTCCAGCAATCGCCGAAAAACACACACTGCGGCGTACCCTCGTCGATTTGCGGAAAATTAAAATCCTTGGCGCTGGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACGGCATAGGCGACGATTTTAACGATTGCCCAGGCAATTGATGCAAACATAATCAAATCCCTCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTTGGTCGGCATATGTGG > 1/1484959‑1485444 | cGCAGCAACACATTTGCGCGCAAATACACTGCCGGTGTTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAAt > 1:774800/1‑251 (MQ=255) cAAATACACTGCCGGTGTTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCaa > 1:512464/1‑230 (MQ=255) cTGCCGGTGTTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAA‑ACACATTGCGGCGTAcc > 1:62302/1‑250 (MQ=255) gCCGGTGTTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTAcc > 1:46774/1‑249 (MQ=255) gtTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCaa > 1:523283/1‑214 (MQ=255) gtTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCtcgtcaa > 1:43317/1‑249 (MQ=255) gtTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCtcgtcaa > 1:569731/1‑249 (MQ=255) gtTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCtcgtcaa > 1:518034/1‑249 (MQ=255) gtTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCtcgtcaa > 1:229285/1‑249 (MQ=255) gtaCGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAaaacac > 1:367468/3‑222 (MQ=255) aaTCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTgaaa > 1:335099/1‑251 (MQ=255) aTGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGgcgc < 1:765163/251‑1 (MQ=255) gttgtAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCgctt > 1:255574/1‑250 (MQ=255) 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cATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGa > 1:428104/1‑251 (MQ=255) aaaaCGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGcc < 1:533135/251‑1 (MQ=255) ccGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTc > 1:877336/1‑211 (MQ=255) ccGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGtaata > 1:524269/1‑251 (MQ=255) tAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCGGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAAc < 1:457749/250‑1 (MQ=255) ggCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTcc > 1:780543/1‑205 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |