| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,485,187 | C→T | intergenic (‑40559/‑156577) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,485,187 | 0 | C | T | 98.9% | 253.9 / ‑4.0 | 93 | intergenic (‑40559/‑156577) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (60/32); minor base A (1/0); total (61/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
CTCTAAGGCCGCAGCAACACATTTGCGCGCAAATACACTGCCGGTGTTTAAAAGCACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATGTCTTGCATTGTGATAATAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGCTCGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACCTGCCAATCCTCGGTCCAGCAATCGCCGAAAAACACACACTGCGGCGTACCCTCGTCGATTTGCGGAAAATTAAAATCCTTGGCGCTGGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACGGCATAGGCGACGATTTTAACGATTGCCCAGGCAATTGATGCAAACATAATCAAATCCCTCTAAAACACGCGTGAACCGTCATACGGCGATTT > 1/1484950‑1485429 | ctctAAGGCCGCAGCAACACATTTGCGCGCAAATACACTGCCGGTGTTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTcag > 1:892844/1‑249 (MQ=255)ctctAAGGCCGCAGCAACACATTTGCGCGCAAATACACTGCCGGTGTTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTcag > 1:227373/1‑249 (MQ=255) cGCAGCAACACATTTGCGCGCAAATACACTGCCGGTGTTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAAt > 1:774800/1‑251 (MQ=255) cAAATACACTGCCGGTGTTTAAAAGTACGCGCGAATCAATGCCATGTTGTAAAAAATCGGCATAATCTAACCCTTCGCGCATAAAAAACGCCTCGACGCCGTAAGGGCAAAAATCCACCCGGCGCATATCCTGCATTGTGATAGTAATGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCaa > 1:512464/1‑230 (MQ=255) 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gtaatGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAAt > 1:765741/2‑251 (MQ=255) atGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGtaataa > 1:873738/1‑204 (MQ=255) atGCTATCCATAAATTAACCCTTTTTAATCTCGGACGTGCGGTAGTTGCCGTAAGCCAGCACTTGCCAATCCTCAGTCCAGCAATCGCCGAAAAAAACACATTGCGGCGTACCCTCGTCAATTTGCGGAAAATTGAAATCCTTGGCGCTTGCTGCCTCCGGTCCGTTACTGCCGCGCTTACCGAACGCCCGATTGATGTAATAACTGGCAACAGTATACGCGACGATTTTAACGATTGCCCAAGCAATTGa < 1:40631/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |