| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,484,735 | A→G | intergenic (‑40107/‑157029) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,484,735 | 0 | A | G | 99.0% | 287.4 / ‑5.3 | 102 | intergenic (‑40107/‑157029) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (52/49); total (53/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GCCCGGGATAGTCTCATCTGTTGCCACATTACCGGGGCTGACATTGCCGGGTCGGAAAAACTTATTGTGCTGCCCGTCTTTTTTAAAGCGCTTGCGCCCGCGCCCGGTTTGATTATTTGCCGCCGACGGGTTATACACACCTTTAAGCAGATTAATCAGCATTTGGGTCGGCTTTTGGTCCGGCTCACCCATCAGGATTTCCATTCGCCCCTGGATGCCTCCCTCACCTCCGGTGTTATCACCGCCGAATAAGTTGGGTTTATCAACATAAATCGCTTGTGAGTGGGTAAGCTCGCCCGGCTTGCCCACATATGCTGTTTTATCATCGACCCGAAGCTCTACAATCTCATCTACCGGACCGCGTCCCAGCCCGCTTTGAATATCCCAATAGTAACGATAACCAACGGTCACCGACTTGCCTTTTTTACCGCCCATTATTTATCTCCTTCGTTGGCCTCTAAGGCCGCAGCAACACATTTGCG > 1/1484495‑1484976 | gccggggATAGTCTCATCTGTTGCTACACTGCCGGGGCTGACATTGCCGGGTCGGAAAAATTTATTATGCTGCCCGTCTTTTTTAAAGCGCTTGCGCCCGCGCCCGGCTTGATTA‑‑TGCCGCCGACGGGTTATACACCCCTTTAAGCAGATTAATCAGCATTTGGGTCGGCTTTTGGTCCGGTTCGCCCATTAAAATCTCCATACGACCCTGGATGCCGCCCTCACCGCCGGTGTTATCGCCGCCGAATAAg > 1:25938/5‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |