| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,484,171 | C→T | intergenic (‑39543/‑157593) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,484,171 | 0 | C | T | 99.0% | 262.7 / NA | 98 | intergenic (‑39543/‑157593) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (51/46); total (52/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CCTGATTTGCCTGCTTGTCGGTTGCGGCGCTGTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCTTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCTTGCCGAATCAATTTAATCGCCTGTTTACCGGTCTCCACATTGTCGTATTGCGCCGCCCCGATATGATCAACAATTTGCTTAATAAAATCTTTAATGGAGGTTTGCCGGTTGTAGCGGATACAGAGGCCAAATCCCTCATCGAAAAGCGTATCTGCCGCTTTTTTATAGCTGTCTAAATCCAGCTCTGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGATATGTGCCGGGTTCATGGCGTGGATTTGGCGTACATTTTGTTCTTGTTCGGCTGTCAAACCTTTAATTTTAAGATTGTCATTGCGCAGCAGGATTTTGGCTTTTTCGGCGTACCATACCACGCCATTGTGCCAGCCTTTGTGGGCACGGCGCACCCG > 1/1483924‑1484419 | tttggtttGCCTGCTTATCGGTTGCGGCGCTGTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTa < 1:25334/246‑1 (MQ=255) cttatCGGTTGCGGCGCTGTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCttttt > 1:165815/5‑251 (MQ=255) atCGGTTGCGGCGCTGTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCttttttgt > 1:607322/2‑249 (MQ=255) gTTGCGGCGCTGTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAg > 1:827565/1‑249 (MQ=255) cTGTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATcag < 1:535797/226‑3 (MQ=255) tGTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATcc < 1:400994/251‑1 (MQ=255) gTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTAt > 1:669944/1‑221 (MQ=255) gTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCttttttgt < 1:393520/236‑3 (MQ=255) gTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCa > 1:123178/1‑251 (MQ=255) tcatcaAGCACCGCAACAATCCCGTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTAt > 1:604974/1‑217 (MQ=255) 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tAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCtttt > 1:463050/1‑251 (MQ=255) tAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCtttt > 1:144978/1‑251 (MQ=255) cTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCAGCGATATGGTCAGCGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTttatt < 1:640564/251‑1 (MQ=255) cTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTttatt < 1:219782/251‑1 (MQ=255) cTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTttatt < 1:85401/251‑1 (MQ=255) cTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTttatt < 1:482839/251‑1 (MQ=255) 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ccGCTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAAc > 1:104647/1‑250 (MQ=255) cTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAgg < 1:548196/251‑1 (MQ=255) cTACATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAgg > 1:509379/1‑251 (MQ=255) aCATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGat > 1:59543/1‑251 (MQ=255) aCATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGa < 1:443454/250‑1 (MQ=255) cATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGata < 1:186549/251‑1 (MQ=255) cATTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGata < 1:744359/251‑1 (MQ=255) aTTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTttatta < 1:670213/229‑1 (MQ=255) aTTGTAGTCCTGGCGAATCAATTTAATCGCCTGCTTGCCGGTCTCCACATTGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGatat > 1:572803/1‑251 (MQ=255) 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1:869522/195‑1 (MQ=255) ttGTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTttatt < 1:250392/179‑1 (MQ=255) gTCGTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGATATGTGc < 1:823504/204‑1 (MQ=255) gTATTGGGCGGCACCGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGa < 1:342824/194‑1 (MQ=255) ccGATATGGTCAACGATTTGCTTAATAAACTCCTTAATTGAGGTTTGCCGATTGTAGCGGATACACAACCCGAATCCCTCGTCGAAAAGTGTATCAGCCGCTTTTTTGTAGCTGTCTAAATCCAGCTCGGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGATAtgtg < 1:603359/187‑1 (MQ=255) 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CCTGATTTGCCTGCTTGTCGGTTGCGGCGCTGTCATCATCAAGCACCGCAACAATCCCTTTGTCATAGCTAAACAGCGGTAAATCCGCTACATTGTAGTCTTGCCGAATCAATTTAATCGCCTGTTTACCGGTCTCCACATTGTCGTATTGCGCCGCCCCGATATGATCAACAATTTGCTTAATAAAATCTTTAATGGAGGTTTGCCGGTTGTAGCGGATACAGAGGCCAAATCCCTCATCGAAAAGCGTATCTGCCGCTTTTTTATAGCTGTCTAAATCCAGCTCTGATAAGTCTTTTTTGCCGCCCCAGCTTTTATTAGTGGCGCATTCAACCAGGATATGTGCCGGGTTCATGGCGTGGATTTGGCGTACATTTTGTTCTTGTTCGGCTGTCAAACCTTTAATTTTAAGATTGTCATTGCGCAGCAGGATTTTGGCTTTTTCGGCGTACCATACCACGCCATTGTGCCAGCCTTTGTGGGCACGGCGCACCCG > 1/1483924‑1484419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |