| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 313,624 | C→A | intergenic (‑46264/+30981) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 313,624 | 0 | C | A | 99.1% | 285.2 / ‑4.4 | 105 | intergenic (‑46264/+30981) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (61/43); total (62/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TGCCTAGCCTGGTAATATAGGGTTAAAGGTATTTCTTTTGGTTCATTTTGGTGGATTTTCCCTAAAATTTTCCATGATTGAAAATTTGAATTAACTTTTGCGAATTAACGTTAGGCTACCAACAACTCTTGTTCGTACTTCATTCTCTCATTGGGCTATTTGAAATAGCTTTTGGAAATTTTTTTAGGGCTGAGTAGAGTTATGCCGATTAACTCGTATTAGACGCGTTAAATTGTCCTTGTGTGCCCAAAACCGATTTTAACACCAGTCCCTTTGCGCTATACTAGGCGCGCATTCTCAGGGCAGGGTGAAAGTCCCTACCGGTGGTAAGCATGAAGGAATGTTTCAATGCAAGCCCACGAGCGTTTATCGACAAAAGTGCGGTCGTTTTTGACGGCGTTTTTTCGATAAAGTCAGCAGATTTGGTGCGAATCCAAAGCCGACAGTGACAGTCTGGATGAAAGAGAATAAAAAAGCAGCACAGGTTTGTTC > 1/313377‑313868 | tGCCTAGCCTGGTAATATAGGGTTAAAGGTATTTCTTTTGGTTCATTTTGGTGGATTTTCCCTAAAATTTTCCATGATTGAAAATTTGAATTAACTTTTGCGAATTAACGTTAGGCTACCAACAACTCTTGTTCGTACTTCATTCTCTCATTGGGCTATTTGAAATAGCTTTTGGAAATTTTTTTAGGGCTGAGTAGAGTTATGCCGATTAACTCGTATTAGACGCGTTAAATTGTCCTTGTGTGCCaaaa > 1:178915/1‑251 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |