| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,434,248 | G→T | intergenic (‑13235/+9998) | unknown ← / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gln‑TTG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,434,248 | 0 | G | T | 93.8% | 31.6 / ‑4.4 | 16 | intergenic (‑13235/+9998) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Gln‑TTG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (9/6); minor base C (0/1); total (9/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
CATCTGTGACAGTTTTTGCCACCTGCACCCAATCCTCAGTTTTTTCATTGAATTTATACAACTCAATTCCAACATTCGGTGCAGGCACTCCTTTATTAATGTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTGTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAATACACAATACAGAATTTATTCAGATAAAACAGCGCTATAGAAAAAAGAAATTTATAAAAAAATACGATTTCCCTGTTCATTTCAAAATCAAAGATGGACTTTATTAGACATAGGATTAGTGTAAAGTATAAATC > 1/1434007‑1434486 | cATCTGTGGCAGTTTTTGCCACCTGCACCCAATCCTCAGTTTTTTCATTGAATTTATACAACTCAATTCCAACATTCGGTGCAGGCACTCCTTTATTAATGTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTcac < 1:596/251‑1 (MQ=255) cACCCAATCCTCAGTTTTTTCATTGAATTTATACAACTCAATTCCAACATTCGGTGCAGGCACTCCTTTATTAATGTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCGTTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGa > 1:424865/1‑251 (MQ=255) gTGCAGGCACTCCTTTATTAATGTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAAtg > 1:304896/1‑195 (MQ=255) ccTTTATTAATGTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTAt > 1:580572/1‑157 (MQ=255) ccTTTATTAATGTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGa > 1:48936/1‑251 (MQ=255) taATGTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTCTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAAt < 1:15684/251‑1 (MQ=255) gTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTAt > 1:63823/1‑146 (MQ=255) tCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAATacac < 1:251945/250‑1 (MQ=255) cTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAATACACAATACAGAATTTATTc < 1:124487/251‑1 (MQ=255) cTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCt > 1:469412/1‑158 (MQ=255) ggTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAATACACAATACAGAATTTATTc < 1:472966/244‑1 (MQ=255) gTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAAtg > 1:766370/1‑149 (MQ=255) catcatTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAATACACAATACAGAATTTATTCAGATAAAACAGCGCTATAGaaaaa < 1:142032/234‑1 (MQ=255) ggTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAAtg > 1:221896/1‑48 (MQ=255) ggTTTTAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAATACACAATACAGAATTTATTCAGATAAAACAGCGCTATAGAAAAAAGAAATTTATAAAAAAATACGATTTCCCTGTTCATTTCAAAATCAAAGATGGACTTTATTAGACATAGGATTAGTGTAAAGtat > 1:736521/1‑250 (MQ=255) ttAGGTTAGACTTTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAATACACAATACAGAATTTATTCAGATAAAACAGCGCTATAGAAAAAAGAAATTTATAAAAAAATACGATTTCCCTGTTCATTTCAAAATCAAAGATGGACTTTATTAGACATAGGATTAGTGTAAAGTATAAAtc < 1:536124/251‑1 (MQ=255) | CATCTGTGACAGTTTTTGCCACCTGCACCCAATCCTCAGTTTTTTCATTGAATTTATACAACTCAATTCCAACATTCGGTGCAGGCACTCCTTTATTAATGTCTAAAATATGCGTACTCAACTGGTATGTTGTAGCAAAACTACTTGATACAACAAACATCATTGCTAGCCCAGCTACTTTACTCTTTAAATTCATTCAATCCTCCGTGTATAATTTTAAAACAAGGTTTTAGGTTAGACTGTTATTTCACATTTTAATTCCCATTATAAATGTGATCTAGTTCACAAATTTAACAAATAATTAAAATTTATTTTAAAATTGACTTAGTCTACTCACTGAATAAAATACACAATACAGAATTTATTCAGATAAAACAGCGCTATAGAAAAAAGAAATTTATAAAAAAATACGATTTCCCTGTTCATTTCAAAATCAAAGATGGACTTTATTAGACATAGGATTAGTGTAAAGTATAAATC > 1/1434007‑1434486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |