| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,387,036 | A→G | intergenic (+227456/+33901) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,387,036 | 0 | A | G | 99.0% | 263.2 / NA | 96 | intergenic (+227456/+33901) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (47/48); total (48/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCCGATTCTGTGCGGATTCATTTTTGCGTTGTTATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTATCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTGCAATTCGGTCTGCTCTGGCTGTTCACGCCCATTCAGCTGTTATTTTTTAACGGCATTTCGTTAAATAGTTTTATCGCCAATGTCATCGCCGTGCCGCCTTATAGCTTCGTTTTGGTCCCGTTGGTGTTATTTGCCGTA > 1/1386790‑1387271 | ttCCGATTCTGTGCGGATTCATTTTTGCGTTGTTATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAg > 1:491084/1‑251 (MQ=255) ccGATTCTGTGCGGATTCATTTTTGCGTTGTTATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTa < 1:715583/251‑1 (MQ=255) aTTCATTTTTGCGTTGTTATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGtct < 1:287299/250‑1 (MQ=255) ttttGCGTTGTTATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGc < 1:461401/251‑1 (MQ=255) ttttGCGTTGTTATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGc < 1:365585/251‑1 (MQ=255) gttATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGcgcg > 1:630758/1‑251 (MQ=255) gttATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGcgcg > 1:475072/1‑251 (MQ=255) gttATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGcgcg > 1:192344/1‑251 (MQ=255) gCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTc > 1:601633/1‑250 (MQ=255) ccAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTccc < 1:704257/251‑1 (MQ=255) aCTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATgg < 1:673387/235‑1 (MQ=255) cGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCaa < 1:706331/250‑1 (MQ=255) gCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAAt < 1:507997/224‑1 (MQ=255) aCTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAg < 1:615089/250‑1 (MQ=255) aCTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAg < 1:253281/250‑1 (MQ=255) aCTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAg < 1:315595/250‑1 (MQ=255) cgcTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATg > 1:488947/1‑251 (MQ=255) cTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTGTGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGt < 1:727801/250‑1 (MQ=255) cTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTccc > 1:852823/1‑216 (MQ=255) aTGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGt > 1:518542/1‑184 (MQ=255) aTGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGt > 1:724369/1‑184 (MQ=255) aTGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGtttt < 1:817954/251‑1 (MQ=255) aTGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGtttt > 1:363204/1‑251 (MQ=255) aTGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGCGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTATCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGtttt > 1:440763/1‑251 (MQ=255) aGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCCGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGttt > 1:713057/1‑250 (MQ=255) aTGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCAttt < 1:186150/251‑1 (MQ=255) gCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCg < 1:638850/166‑1 (MQ=255) gCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTg > 1:309774/1‑250 (MQ=255) gCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTg > 1:664558/1‑250 (MQ=255) aTTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCaa < 1:484805/171‑1 (MQ=255) aTTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGaa > 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tatTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTGCAATTCGGTCTGCTCTGGCTGTTCACGcc < 1:124023/251‑1 (MQ=255) tatTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTGCAATTCGGTCTGCTCTGGCTGTTCACGc > 1:133113/1‑250 (MQ=255) atTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTGCAATTCGGTCTGCTCTGGCTGTTCACGcc > 1:640886/1‑250 (MQ=255) 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gTCTGATTGTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTGCAATTCGGTCTGCTCTGGCTGTTCACGCCCATTCAGCTGTTATTTTTTAACGGCATTTCGTTAAATAGTTTTATCGCCAATGTCATCGCAGTGCCGCCTTATAGCTTCGTTTTGGTCCCGTTGGTGTTATTTGCCGTa > 1:272782/1‑251 (MQ=255) gTTTGGTGTCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTGCAATTCGGTCTGCTCTGGCTGTTCACGCCCATTCAGCTGTTATTTTTTAACGGCATTTCGTTAAATAGTTTTATCGCCAATGTCATCGCAGTGCCGCCTTATAGCTTCGTTTTGGTCCCGTTGgtg > 1:92002/1‑231 (MQ=255) | TTCCGATTCTGTGCGGATTCATTTTTGCGTTGTTATACAGCCAACTGGCGGGGCTTGCTATTCCGACTTTACGCGCTATGATTGCGTTAGCCATGCTCTACGCGATTCAGTATTGGCGACGATATTGGACGGTATGGCAATTCTTGTTAAGAGTGGTTGCCTTGCTGATTTTTATCGATCCGCTCATGTTACTTTCCACCAGCTTTTGGTTGTCGGTGGGCGCAGTGACCTGTCTGATTGTTTGGTATCAGTATTTTCCGTTGTCTCTATTGCAATGGCGCGGCCATTCCCTTGCCAATTCGCCGTGGCGGAAAGTGCGGTATGTTTTCGGCTTGTTTCATTTGCAATTCGGTCTGCTCTGGCTGTTCACGCCCATTCAGCTGTTATTTTTTAACGGCATTTCGTTAAATAGTTTTATCGCCAATGTCATCGCCGTGCCGCCTTATAGCTTCGTTTTGGTCCCGTTGGTGTTATTTGCCGTA > 1/1386790‑1387271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |